Bonjour,
Je souhaiterais pouvoir installer/utiliser le package Rmpi, qui permet d’utiliser mpi avec R (lien CRAN).
Il me semble que c’est actuellement impossible
configure: error: "Cannot find mpi.h header file.
Pensez-vous que cela puisse être possible ? Ou auriez-vous une idée d'une façon de contourner le problème ?
Bien cordialement,
Alexandre S.
Bonjour Alexandre,
Cela devrait être possible. OpenMPI a été installé.
Par contre, j'aurais tendance à plutôt déconseillé l'usage de MPI: c'est assez complexe à utiliser, il est souvent possible de paralléliser de façon plus simple (de façon naive en lançant 1 job par donnée par exemple) et le cluster de l'IFB Core ne bénéficie pas de réseau local haut-débit et à faible latence (ce qui peut limiter la performance de MPI).
Dans tous les cas, vous pouvez essayer d'installer le package Rmpi (pour votre usage, dans votre /home) en suivant cette procédure:
module load openmpi/4.0.4
module load r/4.1.1
R
install.packages("Rmpi", configure.args =
c("--with-Rmpi-include=/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/openmpi-4.0.4/include",
"--with-Rmpi-libpath=/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/openmpi-4.0.4/lib",
"--with-Rmpi-type=OPENMPI",
"--with-mpi=/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/openmpi-4.0.4/bin"))
Bon après-midi