@team.r - Installation du package R "Rmpi"

Bonjour,

Je souhaiterais pouvoir installer/utiliser le package Rmpi, qui permet d’utiliser mpi avec R (lien CRAN).

Il me semble que c’est actuellement impossible

configure: error: "Cannot find mpi.h header file.

Pensez-vous que cela puisse être possible ? Ou auriez-vous une idée d'une façon de contourner le problème ?

Bien cordialement,
Alexandre S.

Bonjour Alexandre,

Cela devrait être possible. OpenMPI a été installé.
Par contre, j'aurais tendance à plutôt déconseillé l'usage de MPI: c'est assez complexe à utiliser, il est souvent possible de paralléliser de façon plus simple (de façon naive en lançant 1 job par donnée par exemple) et le cluster de l'IFB Core ne bénéficie pas de réseau local haut-débit et à faible latence (ce qui peut limiter la performance de MPI).

Dans tous les cas, vous pouvez essayer d'installer le package Rmpi (pour votre usage, dans votre /home) en suivant cette procédure:

module load openmpi/4.0.4
module load r/4.1.1
R
install.packages("Rmpi", configure.args =
  c("--with-Rmpi-include=/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/openmpi-4.0.4/include",
    "--with-Rmpi-libpath=/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/openmpi-4.0.4/lib",
    "--with-Rmpi-type=OPENMPI",
    "--with-mpi=/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/openmpi-4.0.4/bin"))

Bon après-midi