@team.software installation Cell Ranger ARC - 2.0.0

Bonjour @team.software,

Serait-il possible d'installer Cell Ranger ARC - 2.0.0 sur le cluster IFB? il donnera la possibilité d'analyser les données de 10x Multiome ATAC+RNAseq

https://support.10xgenomics.com/single-cell-multiome-atac-gex/software/pipelines/latest/what-is-cell-ranger-arc

Merci d'avance pour votre aide, et je reste à votre disposition si vous avez besoin de plus d'info,

Lorenzo

Bonjour,

A première vu (en regardant rapidement le site), ça n'a pas l'air d’être une licence ouverte, ce qui peux poser problème pour le mettre a disposition de tout le monde.

Bonjour Francois,

Merci pour votre reponse, normalement, il devrait être sous la même licence que les autres logiciels de 10x Genomics déjà installés sur le cluster (Cell Ranger et Spaceranger). En pratique, il s'agit d'une version modifiée de cellranger pour permettre l'analyse simultanée de scATACseq et de scRNAseq à partir du 10x Genomics Multiome Kit.

Ci-dessous vous pouvez trouver le lien pour la licence de cell ranger

Lorenzo

La licence indiqué dans votre premier lien n'est pas la même que celle de cellranger. Vous pouvez la lire en cliquant sur "download" dans le menu a gauche.
Et d'ailleurs le code source de cette version modifié n'est pas disponible sur Github.

Désolé mais d'un point de vue légal, on est obliger de faire attention a ce genre de chose sur le cluster.

Ça ne veux pas dire qu'on pourra ou qu'on ne pourra pas installer ce logiciel sur le cluster, ça veux juste dire qu'on doit être attentif a ce point.

Je comprends, et je suis désolé je n'ai pas pu trouver la licence correct avant, en effet 10x a maintenant tous ses logiciels sous ces termes.

J'espère qu'il serait possible de trouver un moyen d'installer le logiciel.

Merci pour votre aide, je reste à votre disposition,

Bonjour, Je me permets de revenir vers vous pour savoir si vous aviez des nouvelles concernant la possibilité d'installer le logiciel?

En vous remerciant par avance pour votre reponse,

Lorenzo