Bonjour, j'ai besoin d'utiliser le logiciel PROKKA ( http://www.vicbioinformatics.com/software.prokka.shtml ) qui est un pipeline d'annotation de génomes bactériens. PROKKA requiert plusieurs dépendances dont certaines sont déjà installées sur le cluster de l'IFB Core comme HMMER, BLAST ou GNU Parall…

Bonjour, C'est en cours d'installation

Merci beaucoup! Par contre, les dépendances n'apparaissent pas dans les logiciels installés. Ca pourrait être utile de pouvoir utiliser certains de ces programmes individuellement (Aragorn, Infernal, Prodigal, RNAmmer, SingalP). Par ex., Infernal est très utilisé pour l'analyse de séquences d'ARN. …

Désolé mais je ne suis pas sûr de comprendre ton commentaire ? Le package Conda prokka vient avec quelques dépendances : https://bioconda.github.io/recipes/prokka/README.html Est-ce tu veux que nous mettions à disposition certaines de ces dépendances de manière individuelle ? Pour RNAmmer et Sig…

Bonjour, désolé pour la confusion. J'avais simplement été surpris ne pas voir les différentes dépendances apparaître dans "module avail", mais c'est parce que je pensais que vous les installiez séparément avant d'installer ensuite PROKKA. Je n'avais pas pensé que tout était déjà packagé dans Conda.…

[image] nicolat: INFERNAL Hop: installation en cours : Add infernal-1.1.2 (!177) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab

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