@team.software Installation de PROKKA

Bonjour,

j'ai besoin d'utiliser le logiciel PROKKA (http://www.vicbioinformatics.com/software.prokka.shtml) qui est un pipeline d'annotation de génomes bactériens. PROKKA requiert plusieurs dépendances dont certaines sont déjà installées sur le cluster de l'IFB Core comme HMMER, BLAST ou GNU Parallel.

Pourriez-vous installer les autres dépendances et PROKKA (ce serait sans doute plus utile que si je les installe localement dans mes dossiers personnels)?

En vous remerciant d'avance,

Amicalement,

Nicolas TOURASSE.
INSERM, Bordeaux

Bonjour,
C'est en cours d'installation

Hop:

module load prokka/1.14.6

Merci beaucoup!
Par contre, les dépendances n'apparaissent pas dans les logiciels installés. Ca pourrait être utile de pouvoir utiliser certains de ces programmes individuellement (Aragorn, Infernal, Prodigal, RNAmmer, SingalP). Par ex., Infernal est très utilisé pour l'analyse de séquences d'ARN.

Amicalement,
Nicolas.

Désolé mais je ne suis pas sûr de comprendre ton commentaire ?

Le package Conda prokka vient avec quelques dépendances :
https://bioconda.github.io/recipes/prokka/README.html

Est-ce tu veux que nous mettions à disposition certaines de ces dépendances de manière individuelle ?

Pour RNAmmer et SignalP, ils sont penibles car ils ne sont pas disponibles sur Bioconda à cause de leurs licencing restrictifs. Nous passerons alors par des images singularity. Mais grâce à la magie de Module, cela devrait être relativement transparent.

Bonjour,

désolé pour la confusion. J'avais simplement été surpris ne pas voir les différentes dépendances apparaître dans "module avail", mais c'est parce que je pensais que vous les installiez séparément avant d'installer ensuite PROKKA. Je n'avais pas pensé que tout était déjà packagé dans Conda. Toutes mes excuses.
Je serais quand même intéressé par une mise à disposition individuelle de INFERNAL.

Amicalement,

Nicolas.

Hop: installation en cours : https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools/-/merge_requests/177

module load infernal/1.1.2

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