@team.software Installation de SpaceRanger

Bonjour @team.software !
Serait-il possible d'installer Space Ranger 1.1. sur le cluster de l'IFB ?
Il ne me semble pas l'avoir vu et cela permettrait de prendre en charge les données obtenues avec les produits Visium.


Merci d'avance et je me tiens à votre dispositions si besoin ,

Julian

Bonjour @jdalcin,
On fait ça asap

Merci beaucoup !

Hop :

module load spaceranger/1.1.0

Bonjour,
Merci beaucoup pour l'installation de spaceranger, nous avons essayé de le faire fonctionner ce matin jusque là sans succès, malheureusement. Je reviens donc vers vous, il semble installé d'une façon qui a l'air bien spécifique sur le cluster qui annonce à chaque tentative :

/.singularity.d/actions/exec: 21: exec: spaceranger: not found
srun: error: cpu-node-72: task 0: Exited with exit code 127

Nous avons essayé de plusieurs façon différentes de l'exporter dans le PATH comme proposé sur le site de 10X pour l'installation ici https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/pipelines/latest/installation
Après l'avoir installé et lancé sur Ubuntu de mon côté, il se lance en local mais il est installé directement dans /opt et contient bien plus de fichiers que le dossier sur le cluster. N'ayant pas eu de problème de ce genre jusque là, je ne sais pas comment le régler et les specs de nos ordinateurs sont très bas pour pouvoir gérer ces données en local.

Merci d'avance de votre aide !
Bonne journée.

Oups !
Je fixe ça rapidement

Bonjour,
Ca devrait être mieux
Désolé pour ce désagrément