Téléchargement de la base de données taxdb

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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Bonjour,

Je voulais lancer Blastn pour obtenir les noms scientifiques de mes hits (kingdom, order, family ,genus, species). je lance la ligne de commande ci-dessous, mais je trouves pas les informations taxonomique.

Ligne de commande :

blastn -task megablast -query my.fa -evalue 10e-50 -db /shared/bank/nt/current/blast/nt  -num_threads 24 -outfmt "6 qseqid sseqid evalue pident stitle staxids sscinames scomnames sblastnames sskingdoms salltitles stitle" -max_target_seqs 1 -max_hsps 1 > OutBlastN.txt

selon ma recherche, j'ai touvé ce biostars https://www.biostars.org/p/76551/ qui explique comment le faire.
Est-il possible de télécharger svp la base de données taxdb et le mettre dans le même répertoire de BlastnDB (/shared/bank/nt/current/blast/nt).

instruction pour télécharger taxdb:

update_blastdb.pl taxdb
gunzip -cd taxdb.tar.gz

lien des instructions NCBI BLAST Quick start - BLAST® Command Line Applications User Manual - NCBI Bookshelf

Cordialement

Abdeljalil

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Depuis 3 jours, je suis bloqué avec cette erreur.

1. Warning: [blastn] Taxonomy name lookup from taxid requires installation of taxdb database with ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/taxdb.tar.gz

Merci beaucoup de votre aide par avance.

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Bonjour,

C'est fait (dans /shared/bank/nt/current/blast/).

Dites-nous si c'est bon pour vous.

4

Bonjour,

C'est bon, merci.