Télécharger fichiers plats banque au format Genbank

IFB Core Cluster Tool or data bank request
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Bonjour,

Dans le cadre d'une analyse de metabarcoding avec obitools4, j'ai besoin des fichiers "plats" format genbank pour faire une pcr in silico (avec obipcr). Ces fichiers (fichiers gb*.seq.gz )sont disponibles à l'URL :
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
Ces données sont assez volumineuses et je pense qu'il serait utile qu'elles soient disponibles pour toute la communauté. Pourriez-vous les télécharger pour tout le monde SVP ?
Merci
Sophie
PS : Actuellement les données de genbank partagées dans /shared/bank/ ne sont disponibles qu'en format fasta (ou formatées pour blast) et ne permettent pas de faire le lien avec la taxonomy (taxid) pour le metabarcoding (entre autres).

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Bonjour,
Je me permets de relancer cette demande de téléchargement et mise en commum des fichiers Genbank. Cela devient critique pour mon projet et je trouverais dommage d'utiliser cet espace disque à mon seul usage.
bien cordialement,
Sophie

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Est-ce que quelqu'un de la @team.bank a la possibilité de prendre en charge cette demande ?

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Bonjour,
Ma demande de mise en commun des fichiers format Genbank demeure toujours sans réponse. Pourriez-vous m'indiquer si ma requête pose un problème quelconque. Si vous ne pouvez pas y donner suite merci de m'en informer également.
Bien cordialement,

Sophie

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Bonjour Sophie,

Simple manque de temps / ressource humaine.

Le plus direct est peut-être que vous les téléchargiez vous-même.
Je les mettrais à disposition sur /bank.
Ou si vous le voulez bien, je vous inclus dans le (petit) groupe de gestion des banque de données ?
Vous auriez les permissions de mettre à jour le dossier /shared/bank/ et seriez notifié des demandes sur ce forum concernant les banques.

Le fonctionnement est détaillé dans ce port Banques de données /shared/bank - #2 par dbenaben et dans des fichiers README.

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Bonjour,

Merci pour votre réponse, je comprends bien les raisons. Je veux bien être inclus dans le groupe et participer à mettre à jour les banques.

Sophie

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Merci ! C'est fait.

Dites-nous si vous avez des difficultés.

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Bonjour,

Quel account dois-je utiliser pour lancer avec sbatch le script de download des fichiers genbank ?
J'ai vu du "taskforce" dans les scripts dispos dans /shared/bank/_scripts/ mais je n'y suis peut-être pas autorisée (?)

Sophie

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Bonjour,

Quel account dois-je utiliser pour lancer avec sbatch le script de download des fichiers genbank ?

Peu importe. Cela peut se faire aussi en direct si besoin (ou à l'aide de screen/tmux si besoin).

J'ai vu du "taskforce" dans les scripts dispos dans /shared/bank/_scripts/ mais je n'y suis peut-être pas autorisée (?)

Pas de souçis pour utiliser/déposer/modifer si besoin dans ce dossier (vous y êtes autorisés).

Il est important de bien documenter (commentaires, fichier README) que l'on puisse à notre tour le faire si besoin.

Merci :wink:

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Merci pour votre réponse. Je me suis mal fait comprendre.
"taskforce" est un account qui est utilisé dans les scripts sbatch de mise à jour des banques (#SBATCH -A taskforce).
Je peux télécharger les fichiers avec le temps de calcul de mon propre account mais pour le script de mise à jour (du wget) que je vais mettre à dispo pour laisser une trace de la marche à suivre, je ne vais pas mettre mon propre account.
Y-a-t-il un account à utiliser pour imputer le temps de calcul des mises à jour à la team.bank ?
J'espère avoir été plus claire.
Merci
Sophie

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Bonjour Sophie,

Je comprends mieux. Je viens de créer l'account slurm: bank_admin
Vous pouvez donc utiliser ce compte dans les scripts (et lors de la création/maj des bases).

Bonne journée