This job was terminated because it used more memory than it was allocated

@team.dnaseq, c'est normal pour vous, une consommation en RAM > 20Gb pour samtools view

       JobID    JobName            User  Partition  ReqCPUS     ReqMem      State               Start                 End    CPUTime  MaxVMSize
------------ ---------- --------------- ---------- -------- ---------- ---------- ------------------- ------------------- ---------- ----------
13521191     g269020_s+          galaxy       fast        5    20000Mn CANCELLED+ 2020-10-26T15:36:52 2020-10-26T16:36:22   04:57:30
13521191.ba+      batch                                   5    20000Mn  CANCELLED 2020-10-26T15:36:52 2020-10-26T16:36:22   04:57:30  83702156K

On dirait même que 80GB ne suffirait pas.

Quelle est la solution?
Ces fichiers CRAM sont très gros car issus de WGS, si Galaxy arrive quand même à en faire des fichiers BAM, pourrais-je ensuite les annoter en VCF?
Sinon que faire?
MERCI

Bonjour

Je n'ai jamais manipulé de fichier CRAM, mais 15Mo ne me paraît pas super gros.

Que cherchez vous à faire exactement ? Les convertir en fichier BAM ?

Bonjour,
Désolée, je n'ai pas vu votre message et pas eut de mail le signalant ..
Oui je veux convertir mes fichiers CRAM en BAM pour ensuite en faire des VCF et comparer les 5 VCF pour trier les variants.
Merci pur votre aide

Bonjour,
Quelqu'un peut-il me dire s'il me sera possible d'analyser mes 5 fichiers CRAM (de 15 à 20 Go chacun, WGS) pour les convertir en BAM puis en VCF et comparer les 5 VCF entre eux?. Ou bien dois-je trouver une autre solution?
Merci

Bonjour,
Je vais augmenter encore la mémoire disponible et on verra si ça passe :crossed_fingers:

MERCIIIIIII!
Je vais relancer le run ... :pray:t3:

Attendez, ce n'est pas encore actif :stuck_out_tongue:

OK, j'attends votre :white_check_mark:

:white_check_mark: :white_check_mark: :white_check_mark: :white_check_mark:

samtools view a maintenant jusqu'à 40GB et 10 CPU :crossed_fingers:

MERCIIIIIII!
Je vais relancer le run ... :pray:t3:

Bonjour,
je suis désolée mais il y encore un souci avec ce run, Job API ID: a39746a2880d96c9
"samtools sort: couldn't allocate memory for bam_mem",
Le message est différent des autres fois, il semblerai qu'on avance ...
MERCI

Mon problème est-il insolvable?
Merci

Le problème est un peu différent qu'au début. Ce n'est plus le cluster qui dit que samtools consomme plus de mémoire que déclaré mais samtools qui se plaint de ne pas en avoir assez.

Cela semble lié à cette discussion : samtools sort setting memory requirement · Issue #831 · samtools/samtools · GitHub

J'ai du coup proposé un correctif sur le wrapper Galaxy de samtool view (qui lance samtools sort)

Désolé pour le temps de résolution :confused:

Bonjour,
Désolée à mon tour du temps de réaction, je n'ai pas pris le temps de tester la correction de samtools (mais vais le faire il faut que je recharge un fichier CRAM) car en parallèle j'ai obtenu un fichier BAM par ailleurs et ai tenté le variant call avec l'outils Call variants with low freq, j'aurais aimé avoir ANOVAR mais ne l'ai pas trouvé, et ai obtenu un VCF. Ensuite j'ai voulu annoter les variants du VCF avec l'outil SNPEff eff et ai eut le message suivant:
VcfFileIterator.parseVcfLine(132): Fatal error reading file '/shared/ifbstor1/galaxy/datasets/000/847/dataset_847977.dat' (line: 3968829):
hs37d5 31435586 . W 289 PASS DP=14;AF=0.071429;SB=2147483647;DP4=0,0,0,0
java.lang.RuntimeException: java.lang.Ru
Je ne sais pas quels outils utiliser ni dans quel ordre pour annoter les VCF et les comparer entre eux.
J'AI BESOIN D'UNE FORMATION A GALAXY, comment faire?
MERCI

Voilà j'ai relancé Samtools sur un CRAM ...

Sauf que: You are over your disk quota. Tool execution is on hold until your disk usage drops below your allocated quota. !!!

Sachant : README: before request a Galaxy quota extension

Pouvez-vous libérer un peu de place dans vos historiques ?

Un message a été scindé en un nouveau sujet : Demande d'installation d'ANNOVAR