Quelle est la solution?
Ces fichiers CRAM sont très gros car issus de WGS, si Galaxy arrive quand même à en faire des fichiers BAM, pourrais-je ensuite les annoter en VCF?
Sinon que faire?
MERCI
Bonjour,
Désolée, je n'ai pas vu votre message et pas eut de mail le signalant ..
Oui je veux convertir mes fichiers CRAM en BAM pour ensuite en faire des VCF et comparer les 5 VCF pour trier les variants.
Merci pur votre aide
Bonjour,
Quelqu'un peut-il me dire s'il me sera possible d'analyser mes 5 fichiers CRAM (de 15 à 20 Go chacun, WGS) pour les convertir en BAM puis en VCF et comparer les 5 VCF entre eux?. Ou bien dois-je trouver une autre solution?
Merci
Bonjour,
je suis désolée mais il y encore un souci avec ce run, Job API ID: a39746a2880d96c9
"samtools sort: couldn't allocate memory for bam_mem",
Le message est différent des autres fois, il semblerai qu'on avance ...
MERCI
Le problème est un peu différent qu'au début. Ce n'est plus le cluster qui dit que samtools consomme plus de mémoire que déclaré mais samtools qui se plaint de ne pas en avoir assez.
Bonjour,
Désolée à mon tour du temps de réaction, je n'ai pas pris le temps de tester la correction de samtools (mais vais le faire il faut que je recharge un fichier CRAM) car en parallèle j'ai obtenu un fichier BAM par ailleurs et ai tenté le variant call avec l'outils Call variants with low freq, j'aurais aimé avoir ANOVAR mais ne l'ai pas trouvé, et ai obtenu un VCF. Ensuite j'ai voulu annoter les variants du VCF avec l'outil SNPEff eff et ai eut le message suivant:
VcfFileIterator.parseVcfLine(132): Fatal error reading file '/shared/ifbstor1/galaxy/datasets/000/847/dataset_847977.dat' (line: 3968829):
hs37d5 31435586 . W 289 PASS DP=14;AF=0.071429;SB=2147483647;DP4=0,0,0,0
java.lang.RuntimeException: java.lang.Ru
Je ne sais pas quels outils utiliser ni dans quel ordre pour annoter les VCF et les comparer entre eux.
J'AI BESOIN D'UNE FORMATION A GALAXY, comment faire?
MERCI