Bonjour, Je débute sur Galaxy et ne pense pas que mes questions intéressent toute la communauté à ce stade. J'ai chargé un fichier CRAM de 15 Mo et un fichier FASTA de 3 Mo pour la séquence de référence, et je souhaite convertir ce fichier CRAM en BAM pour ensuite faire un VCF avec le plus d'annot…

Vous pouvez retenter. Par contre, ça peut être un peu plus long. Galaxy va d'abord tenter avec 2GB, puis 10GB et enfin 20GB.

@team.dnaseq , c'est normal pour vous, une consommation en RAM > 20Gb pour samtools view JobID JobName User Partition ReqCPUS ReqMem State Start End CPUTime MaxVMSize ------------ ---------- --------------- ---------- -------- ------…

Quelle est la solution? Ces fichiers CRAM sont très gros car issus de WGS, si Galaxy arrive quand même à en faire des fichiers BAM, pourrais-je ensuite les annoter en VCF? Sinon que faire? MERCI

Bonjour Je n'ai jamais manipulé de fichier CRAM, mais 15Mo ne me paraît pas super gros. Que cherchez vous à faire exactement ? Les convertir en fichier BAM ?

Bonjour, Désolée, je n'ai pas vu votre message et pas eut de mail le signalant .. Oui je veux convertir mes fichiers CRAM en BAM pour ensuite en faire des VCF et comparer les 5 VCF pour trier les variants. Merci pur votre aide

Bonjour, Quelqu'un peut-il me dire s'il me sera possible d'analyser mes 5 fichiers CRAM (de 15 à 20 Go chacun, WGS) pour les convertir en BAM puis en VCF et comparer les 5 VCF entre eux?. Ou bien dois-je trouver une autre solution? Merci

Bonjour, Je vais augmenter encore la mémoire disponible et on verra si ça passe :crossed_fingers:

MERCIIIIIII! Je vais relancer le run ... :pray:t3:

Attendez, ce n'est pas encore actif :stuck_out_tongue:

OK, j'attends votre :white_check_mark:

samtools view a maintenant jusqu'à 40GB et 10 CPU :crossed_fingers:

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This job was terminated because it used more memory than it was allocated

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