TP Galaxy Training Network ChIP-seq - Visu IGV

Hello @team.galaxy,

Nous sommes en train de préparer une formation ChIP-seq pour la plateforme bilille (10-11 Dec) et nous allons utiliser un des TPs du Galaxy Training Network (https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/epigenetics/tutorials/formation_of_super-structures_on_xi/tutorial.html).

Dans ce TP il faut faire la visualisation d'alignements Bowtie2 avec IGV (https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/epigenetics/tutorials/formation_of_super-structures_on_xi/tutorial.html#visualization-using-a-genome-browser).
2 solutions sont proposées, soit avec un IGV installé localement sur l'ordi, ou bien avec IGV intégré à l'instance Galaxy. A l'heure actuelle il semble qu'IGV ne soit pas intégré à usegalaxy.fr, et lorsque j'essaye de visualiser en local (en cliquant sur " display with IGV local" --> https://usegalaxy.fr/display_application/bc9098ce1970c543/igv_bam/local_default) j'ai une erreur IGV que je peux passer ("Warning: unsuccessful attempt to execute 'Range byte' request to host usegalaxy.fr") mais si j'essaye de visualiser une petite région comme dans le TP (chr2:91,053,413-91,055,345) IGV tourne en boucle sans jamais afficher (il charge...). La mémoire monte et descend, le process Java semble télécharger ponctuellement des données, mais rien ne s'affiche même au bout de plusieurs dizaines de minutes.

Est-ce que vous pouvez m'aider? L'idéal étant que IGV soit dispo en local et intégré à usegalaxy.fr mais pour cette formation l'une des deux solutions suffirait.

Merci d'avance
Pierre

Salut @ppericard,

J'avoue sécher un peu. Je n'ai jamais vraiment été loin dans IGV sur Galaxy. Normalement, d'après Anthony B., nous avons le bon réglage NGINX pour le uwsgi_force_ranges :confused:

Salut @gildaslecorguille
Mince... Bon pour la formation de Décembre je vais peut-être bidouiller quelque chose.
J'ai pas bien compris s'il y avait une intégration possible d'IGV (peut-être la version Javascript) directement sur l'instance Galaxy ? Si c'est le cas est-ce que ça fait parti de la roadmap de usegalaxy.fr ?
Pierre

Pour info, le même TP fonctionne sur usegalaxy.eu et j'arrive à ouvrir la session IGV en local sur mon ordi depuis leur site. Si ça peut aider à débugger.
Pierre

Peux-tu réessayer, il y a eu des modifs côté NGINX et une mise à jour de Galaxy en 20.05 ?

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Je te confirme que ça fonctionne maintenant. Super !!!

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