Salut tout le monde !
J'avais deux petites questions par rapport au tuto de GC-MS introductory (l'intermediate j'ai essayé mais j'ai différents problèmes : avec un jeu de données ça me donne des problèmes à l'étape de merge, je ne sais pas pourquoi; et avec l'autre jeu de données j'ai des problèmes à l'étape de correction du temps de rétention, étant donné que ça m'identifie qu'un seul ion avec les paramètres indiqués, donc il ne peut pas y avoir de correction du temps de rétention; c'est pour cela que j'ai continué jusqu'à la fin avec le tuto introductory).
La première des questions est l'absence d'un outil. Il y a un outil qui est utilisé à la fin du tuto pour afficher des chromatogrammes et des pseudospectras, metaMS.plot, par contre, c'est outil n'est pas disponible sur galaxy. Ça va si on fait un BIP/TIC à la place ? Quand est-ce-qu'il sera disponible cet outil ?
La deuxième question a un rapport avec la préparation des données. Il y a une partie commune et puis on peut soit faire l'option 1, soit l'option 2. Par contre, pour arriver jusqu'à la fin du traitement des données GC vaut mieux suivre l'option 2, mais le fichier qui est utilisée pour cette option a subi des étapes de find, group et fill peaks, alors que dans la partie commune aux deux options le fichier a juste subi une étape de find peaks, et c'est lors de l'option 1 qu'on fait group et fill peaks. Pour l'option 2 il faut donc utiliser quel fichier ? Seulement find peaks ou find, group et fill peaks ? J'ai suivi l'option 2 avec les deux fichiers possibles et à la fin avec le fichier find/group/fill je me trouve à avoir le double d'unknowns qu'avec le fichier find. Étant donné que group et fill servent à regrouper des pics, je voulais savoir pourquoi on a plus ou moins le double d'unknowns quand on suit toutes les étapes avec le fichier find/group/fill par rapport au fichier find.
Merdi d'avance et bonne journée !