Update ena-webin-cli (upload de sequences vers l archive europeenne)

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
1

Bonjour,
Serait il possible de mettre a jour le module permettant d uploader des sequences sur l'ENA svp?

En utilisant l actuel (module load ena-webin-cli), j ai obtenu ce message :

INFO : Your application version is 5.0.0
ERROR: Your application version is no longer supported. The minimum supported version is 6.0.0. Please download the latest version 6.5.1 from Releases · enasequence/webin-cli · GitHub

Je vous remercie d avance,
Fred Chaux

2

Bonjour @fredchaux

La version disponible dans bioconda s'arrête à la version 5.
Il faut donc qu'on bascule sur un container (un docker est dispo).

Mais en attendant, vous pouvez peut-être simplement utiliser la version java:

# Get the Java jar file: 
wget https://github.com/enasequence/webin-cli/releases/download/6.5.1/webin-cli-6.5.1.jar

# Run it:
module load java-jdk/8.0.112 
java -Xms2G -jar webin-cli-6.5.1.jar -help
1 « J'aime »