Bonjour,
J’ouvre ce topic pour demander s’il est possible de mettre à jour le package pyslim en version 1.0.4 (dispo ici : tskit-dev - pyslim).
J’en profite pour passer l’info (des fois que des intéressés tomberaient sur le topic) : les versions de pyslim < 1.0.3 présentent un bug dans la fonction pyslim.recapitate() (plus d’infos sur le groupe de discussion SLiM : https://groups.google.com/g/slim-discuss/c/Rtkkx_8pW58/m/SpuaxFSgAAAJ), d’où ma demande d’update de version.
En vous remerciant par avance,
Lan-Fong Guillaume
Bonjour,
Serait-il possible de savoir où en est l'installation ?
A priori, la version 1.0.1 est toujours la plus récente disponible via "module load pyslim" (les versions 0.501, 0.700 et 1.0.1 sont dispo de mon côté).
En vous souhaitant une bonne journée,
Guillaume
Bonjour Guillaume,
J'ai fait le nécessaire pour permettre l'installation via l'entrepôt gitlab référencé plus haut. Je n'ai cependant pas la main pour accepter et fusionner les modifications proposées et donc permettre l'installation effective. J'ai relancé hier, puis à nouveau à l'instant, pour demander la validation. Je vous tiens au courant.
Loraine
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Bonjour Guillaume,
Je n'ai pas oublié la demande : il y a des discussions en cours sur la pertinence de basculer cette librarie python dans le module python/3.9 : Draft: pyslim-1.0.4 (!1163) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab
Désolée pour le délai.
Bonne journée,
Loraine
Bonjour Loraine,
Ok, merci pour les nouvelles !
J'attends une réponse plus claire et définitive sur le sujet alors.
Pour ce que je peux apporter comme info sur pyslim, c'est vraiment principalement la librairie "compagnon" du simulateur SLiM, donc la pertinence d'en faire une librairie "permanente" du module dépend surtout du nombre d'utilisateurs qui utilisent SLiM sur le cluster je pense.
Encore une fois merci pour ces nouvelles,
Bonne journée,
Guillaume
Bonjour Guillaume et merci pour ta patience,
Le consensus est de ne pas installer pyslim dans un module à part, ni dans le module python, mais de laisser la main à l'utilisateur pour l'installer lui-même avec :
module load python/3.9
pip install pyslim==1.0.4
Bonne journée,
Loraine
Bonjour Loraine,
Pas de soucis, merci d'avoir prit le temps de discuter intensivement de tout ça, et pour les deux lignes pour une installation "user" 
Bonne journée également,
Guillaume