Usegalaxy qiime2 dada2 run time exceeded

Bonjour,
J'ai une pipeline de metabarcoding qui utilise qiime2 dada2 et j'ai un erreur "exceeding run time". J'ai fait des testes avec 6 samples et le pipeline durait environ 12h avec environ 11h pour dada2. De suite j'ai lancé le pipeline avec mes 96 échantillons et j'obtiens l'erreur après environ 24h. Actuellement j'ai relancé la pipeline en réduisant le nombre de sequences pour error learning de 1000000 à 100000. Je pense que dada2 a besoin plusieurs jours pour finir l'analyse. Si vous pensez que ça ressouderait le problème pourriez vous augmenter le temps de calcul attribué à qiime2 dada2 ?
Merci vous votre aide

Bonjour @aquaiser et désolé pour le délais de réponse.

Pouvez vous me partager votre historique afin d'identifier l'outil qui est en erreur ?

Thomas

Bonjour,
j'ai trouvé... partage via le link:

url: https://usegalaxy.fr/u/aquaiser/h/q2dada2bacteriafull

Merci

Merci

J'ai fait une MR pour augmenter le temps alloué à l'outil
Ce sera bientôt appliqué sur usegalaxy.fr

Thomas

Bonjour @aquaiser

La mise à jour est appliquée.

Bonne journée
Thomas

Bonjour,
Il y a un autre erreur maintenant. Il arrive très vite au début de dada2 même avec peu de séquences (6 samples). Avec les même séquences j'avais des résultats dans 13h environ auparavant.
Voici l'history:
[url: Galaxy | France | Accessible History | q2_dada2_test15]
Merci pour votre aide.
Achim

Bonjour @aquaiser

Il y avait une erreur de typo dans la configuration de l'outil. La MR est en cours de validation.
Désolé pour la gêne occasionnée

Thomas

Bonjour,
J'ai toujours le même erreur "This job was terminated because it ran longer than the maximum allowed job run time." Je pense que le job pourrais durer plus qu'une semaine. Ca marche avec 6 samples, mais ici j'ai utilisé 48 samples (48 R1 et 48 R2)
voici le partage de history:
url: Galaxy | France | Accessible History | q2_dada2_Bacteria_full

Merci
Achim

Bonjour,

j'ai fait une MR pour donner plus de temps à l'outil increase increase_qiime2__dada2__denoise_paired time (!720) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / usegalaxy.fr / infrastructure · GitLab

Thomas