Bonjour,
Canu parallélise automatiquement les jobs par défaut et j'ai du mal à trouver les gridoptions qui lui éviterait d'aller essayer d'exploiter des ressources non autorisées....
En effet, j'ai l'impression qu'il va chercher des ressources qui ne sont pas accessible mais qui lui apparaissent et du coup le job failed dans le canu.output mais au niveau du output slum il n'y a pas d'erreur...
J'espère que mes explications sont claires, mon script est basique ...
srun canu -d "${file_path}"/hicanu -p MyCentaureaGenome genomeSize=1.5g -pacbio-hifi "${file_path}"/MyCentaureaGenome.fastq.gz
Peut-être aurez-vous des idées ?
Merci!,
Elodie
Bonjour @eflaven,
En effet, Canu semble gérer lui-même les ressources que ce soit localement ou sur un cluster.
A part, spécifier les options comme useGrid=true gridOptions="-A dubii2021" je ne vois rien de particulier à spécifier.
Il est possible de limiter les ressources en ajoutant d'autre option comme par exemple gridOptions="-A dubii2021 --mem=150G --time=5:00:00 --c 10" mais cela semble déconseillé.
Quelques exemples:
- Trying to assemble using grid with SLURM · Issue #869 · marbl/canu · GitHub
- Running CANU on a SLURM cluster · Issue #1886 · marbl/canu · GitHub
Quel est l'erreur (job failed) que vous rencontrez ? Pouvez-vous nous donner la sortie ?
Bonjour,
Merci vraiment pour tes conseils, je n'ai malheureusement pas trouvé de solution idéale idéale en triturant les options, j'ai fini par un useGrid=false sur la partition longue et cela à fonctionné.
Encore merci quand même !
Elodie