Bonjour,
suite à ma demande d'installation de FusionInspector, je n'arrive pas à le faire fonctionner, je reçois le message d'erreur suivant "EXITING because of FATAL ERROR: Genome version: 2.7.1a is INCOMPATIBLE with running STAR version: 2.7.7a
SOLUTION: please re-generate genome from scratch with running version of STAR, or with version: 2.7.4a"
J'ai essayé de télécharger la version 2.7.4a de STAR comme il est indiqué dans le message d'erreur mais cela ne fonctionne pas. Pourriez-vous m'aider à résoudre ce problème?
Voici la ligne de code que j'utilise:
[cbaron@cpu-node-22 cbaron]$ FusionInspector --fusions /shared/projects/ubx_hts_2021/cbaron/liste_fusion/fusions.list.AUT.txt --genome_lib /shared/bank/homo_sapiens/GRCh38/trinity --left_fq /shared/projects/ubx_hts_2021/cbaron/fastq/REC-ARN-AUT-10_R1.fastq.gz --right_fq /shared/projects/ubx_hts_2021/cbaron/fastq/REC-ARN-AUT-10_R2.fastq.gz -O /shared/projects/ubx_hts_2021/cbaron/results_fusion/ --out_prefix finspector --vis
Je vous remercie d'avance,
Camille Baron.
Bonjour, merci pour votre aide!
L'installation a été faite (merci @Francois), @Camille, peux-tu réessayer ?
Merci. J'ai réessayer et j'obtiens toujours la même erreur. Peut-on préciser à FusionInspector quelle version de STAR je souhaite utiliser?
Merci beaucoup pour votre aide.
Bonjour,
Pour vérifier la version de FusionInspector et STAR utilisé vous pouvez:
module load fusion-inspector
FusionInspector --version
STAR --version
A noter que dans votre message d'erreur, il indique comme solution de regenerer le fichier avec cette nouvelle version de STAR, il y'a donc peut-etre une commande a lancer pour ca ? --vis ?
Ou peut-etre a essayer avec l'option --cleanup de FusionInspector
Et une derniere piste, est-ce que vous avez bien supprimer la ou les version de STAR que vous aviez essayer d'installer directement sur votre compte ?
Bonjour,
merci pour vos propositions de solutions mais je suis vraiment novice en codage sur les clusters et je n'arrive pas à résoudre le problème.
Bonne journée.
On peut tenter de downgrade STAR en version 2.7.1a ou réindexer les genomes ?
Pas de souci 
est-ce que vous pouvez juste lancer les commandes suivantes et nous copier les résultats ici ?
FusionInspector --version
STAR --version
Ceci nous aidera a vous aider.
