Utilisation de la fonction kable et autres mises à jour de packages

Bonjour,

Quand j'utilisais la fonction kable dans mon Rmd j'obtenais bien des tableaux mais actuellement j'obtiens des choses comme ça:

<table>
<caption>Less significant genes</caption>
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;">   </th>
   <th style="text-align:right;"> baseMean </th>

que dois je faire pour obtenir à nouveau des tableaux ?
problème de versions de packages ?

Si je peux poser une deuxième question dans le même message:
j'utilise la fonction randomForest et les résultats ne sont plus les mêmes après la réinstallation de Rsudio même question est ce que randomForest et toutes ses dépencances sont à jour ?

bien cordialement
Marilyne

Bonjour Maryline,

Je ne suis pas du tout spécialiste de R mais j'ai quelques remarques:

  • kable
    Le package knitr est en version 1.21 sous RStudio.
    Le code renvoyé est bien un tableau mais au format HTML.
    Il semble possible de spécifier l'option format pour spécifier un autre format: https://www.rdocumentation.org/packages/knitr/versions/1.21/topics/kable
    Tout dépends donc de ce que vous souhaitez.

  • RandomForest
    Sous RStudio, randomForest est en version 4.6-14
    Qu'entendez-vous pas "réinstallation de Rsudio" ?

Note: Sous RStudio, il est possible de visualiser les packages disponibles avec leur version et une aide dans la fenêtre du bas à droite sous l'onglet "Packages"

Bonne journée

1 J'aime

Bonjour David,

pour kable, oui ça marche avec format = "markdown" !

merci pour l'info sur les packages

et je me suis mal exprimée je voulais juste parler du problème que vous aviez résolu hier concernant Rsudio

Merci pour votre aide!

Bonne journée
Marilyne
PS: quand j'ai un nouveau problème je sais pas si je peux continuer les discussions déjà commencées ou si je dois ouvrir un nouveau sujet

Ok. Parfait pour kable. Bonne nouvelle :slight_smile:

L'opération d'hier (Problème de connection à rstudio) a réinitialisé votre environnement mais cela ne devrait pas impacter les calculs/traitements (excepté peut-être si vous avez installé des paquets localement).

Pour plus de clarté, il est souvent préférable d'ouvrir un nouveau sujet pour un nouveau problème. Mais rien n'empêche de continuer la discussion sur un fil déjà existant si le problème est similaire.

Bonne après-midi