Bonjour,
J'essaye d'utiliser manta 1.6 (via un conda) sauf qu'après un certain temps j'obtiens une erreur : IOError: [Errno 71] Protocol error: '/shared/ifbstor1/projects/gentaumix/manta/lousmya/MantaWorkflow/workspace/pyflow.data/logs/tmp/taskWrapperLogs/000/198/pyflowTaskWrapper.signal.txt'
Je précise que le même conda, le même script sur les serveurs de l'igbmc fonctionne sans problème (mais sachant que tout le reste est à l'ifb c'est vraiment pas pratique de le faire tourner cette partie à l'igbmc).
Une idée?
Quentin
Bonjour,
J'ai ajouté la version 1.6 de manta dans la liste des outils, l'installation est en cours : Add manta 1.6.0 (!762) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab
J'espère que cette installation canonique évitera les erreurs.
Loraine
Bonjour,
Merci. Je l'espère aussi. A noter que j'ai essayé de faire tourner manta en écrivant tous les fichiers sur un dossier temporaire directement dans le /tmp du noeud de calcul, puis copié tous les résultats sur l'espace projet, ca fonctionne sauf que c'est très lent (7 à 8h contre 1 à 2h normalement).
Je viens d'essayer avec le module load manta/1.6.0 et j'obtiens exactement la même erreur.
@team.ifbcorecluster Il semble s'agir d'un problème d'accès à l'espace projet à partir d'un noeud.
Auriez-vous des pistes pour résoudre le problème ?
En effet, cela semble indiquer une erreur avec le système de fichier.
Avant de pousser l'analyse, je vous propose de re-essayer à partir du 7 avril après-midi suite à l'arrêt et mise à jour du stockage.