J'essaye d'utiliser PGDSpider (celui installé sur le cluster) pour convertir des fichiers arp (Arlequin) en VCF et j'ai cette erreur :
WARN 14:23:34 - PGDSpider configuration file not found! Loading default configuration.
initialize convert process...
read input file...
read input file done.
write output file...
ERROR 14:23:39 - Path to Samtools does not exist! Please specify it in the Config menu under Options or in the "spider.conf.xml" file within the PGDSpider distribution.
ERROR 14:23:39 - Path to Bcftools does not exist! Please specify it in the Config menu under Options or in the "spider.conf.xml" file within the PGDSpider distribution.
write output file done.
Pourtant j'ai bien module load bcftools et samtools, et je ne trouve nulle part le fichier de configuration "spider.conf.xml". Comment faire ?
En effet, il faut indiquer les chemins à PGDSpider.
The path to the samtools/bcftools program can be specified in the “spider.conf.xml” file within the
PGDSpider distribution (the file will be automatically generated the first time you run PGDSpider)
Par contre je n'arrive pas à trouver un example de "spider.conf.xml” (ni plus d'information dans la doc).
Je ne peux donc vous aider plus... Peut-être demander aux auteurs comment spécifier ces paramètres en ligne de commande (via "spider.conf.xml” ou des variables d'environnements) ?
Pour info, pour savoir où se trouve les exécutables (tel que samtools ou bcftools), vous pouvez faire appel à la commande module show <module>:
$ module show samtools/1.15.1
[...]
prepend-path PATH /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/samtools-1.15.1/bin
$ module show bcftools/1.16
[...]
prepend-path PATH /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/bcftools-1.16/bin
Ou plus simplement avec which:
$ module load bcftools/1.16
$ which bcftools
/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/bcftools-1.16/bin/bcftools
$ module load samtools/1.15.1
$ which samtools
/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/samtools-1.15.1/bin/samtools
Pour info, j'ai aussi testé en utilisant l'interface graphique (menu config > Options) et en indiquant les chemins. ll trouve alors les binaires mais échoue avec mes données d'exemples.
Merci pour les informations, mais cela ne semble pas fonctionner. Je ne vois pas le fichier "spider.conf.xml" même après avoir utilisé en GUI. Par ailleurs, j'ai trop de fichiers pour l'utiliser en GUI ou sur mon ordinateur de bureau.
Je peux vous communiquer mon fichier spider.conf.xml afin d'en mettre un en place dans le dossier /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/pgdspider-2.1.1.5/bin ? (ou peut-être dans /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/pgdspider-2.1.1.5)
J'ai déjà changé les paths. Je ne sais pas s'il faut changer d'autres paramètres, le reste n'a pas été modifié. PGDSpider a été installé avec conda aussi sur mon ordinateur.
Le fichier spider.conf.xml est exactement ce que je cherchais...
Il me semble pas opportun de mettre ce fichier en commun (on cache le paramétrage que l'on peut vouloir changer en utilisant d'autres versions de bcftools par exemple).
Mais vous pouvez tout à fait le créer et l'utiliser dans votre /home.
Il suffit de placer le fichier spider.conf.xml dans votre dossier de travail (i.e. là où vous lancer PGDSpider2-cli).
Du coup, à toute fin utile, je remets ici le fichier de configuration:
Cela fonctionne, il faut cependant des versions plus anciennes de samtools et bcftools. Par exemple, ça fonctionne bien avec: bcftools/1.9 et samtools/1.5. Il faut donc mettre les bonnes versions dans spider.conf.xml.
