Utilisation de PyTorch avec Cellpose

IFB Core Cluster
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Bonjour,
Je cherche à segmenter les noyaux d'un tissu 3D à partir d'un z-stack, en utilisant CellPose (je travaille depuis un notebook). Pour accélérer le calcul je veux passer par une partition GPU et utiliser Pytorch, mais quand je lance le calcul avec
model = models.CellposeModel(gpu=True) \n masks, flows, styles = model.eval(im1, do_3D=True, anisotropy = 5/1.35, z_axis = 0)
je vois écrit dans le log
torch version: 2.6.0 Neither TORCH CUDA nor MPS version not installed/working. \n using CPU

Est ce que quelqu'un saurait ce qui cause ce problème et/ou comment le résoudre ?

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Bonjour,

TORCH CUDA nor MPS version not installed

Utilisez-vous le module python du cluster ?
Pouvez-vous nous indiquer votre script (ou le chemin vers votre script) ?

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Bonjour,
Le problème a l'air d'être réglé, mais je vous donne quand même la config si le problème se représente: j'utilise un jupyter notebook sur OnDemand, avec python 3.9.
Voilà le code :

import os
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from cellpose import plot, models, io, train
from cellpose.io import imread
import torch
import tifffile

io.logger_setup()

model = models.CellposeModel(gpu=True, pretrained_model='cpsam')
masks, flows, styles = model.eval(im1[35,:,:], flow_threshold=0.5,cellprob_threshold=0.1)