Bonjour,
Je souhaiterais faire tourner AlphaFold2 sur le mode GPU du cluster de l'IFB. Comment procède t-on pour avoir accès au mode GPU ?
User : jcharon
Projet : virus_fold_id4visa
Un grand merci d'avance pour votre aide,
Cdmt
Justine
Bonjour Justine,
Il suffit de le demander ici-même.
Je viens de vous donner accès à la partition GPU pour le projet virus_fold_id4visa.
Pensez-à préciser ce compte est cette partition lors de la soulission de job: --partition=gpu, --account=virus_fold_id4visa.
Il y a disposition 3 serveurs GPU, équipe de 2 cartes A100 sur lesquels on a activé le Multi-Instance GPU (MIG) qui permet de partitionner et n'utiliser qu'une partie de la carte.
Plus d'info sur la documentation: SLURM at IFB Core - IFB Core Cluster Documentation
Vous pouvez alors préciser le profil souhaité (i.e. la capacité GPU et la mémoire), via l'option --gres (par exemple: --gres=gpu:1g.5gb:1).
Vous trouverez aussi un exemple d'usage pour Alphafold2 dans la documentation si besoin: Alphafold2 - IFB Core Cluster Documentation
Faites-nous signes si besoin.
Bonne journée
Merci beaucoup !