Bonjour la team,
Petites questions subsidiaires avant de me plonger dans l'univers en croissance perpétuelle de R ! :
- La version de R dans RStudio est la 3.5.1 > si je souhaite la 3.6 est-ce possible sans que tout le monde soit sous la version 3.6 et que chacun doive remettre à jour ses packages (je risque d'avoir des représailles
!) ?
- L'installation es packages semble la par contre utilisateur dépendant je peux donc m'en donner à coeur joie avec la version que me chante.. C'es ça ?
Merci de votre retour !
Mathias
Hum, non, désolé. RStudio est en effet partagé.
Après, nous pouvons tout à fait argumenter sur la pertinence d'updater R.
Bioconductor a en effet été releasé en 3.9 et tourne sur R >= 3.6.0
A vrai dire, nous n'avons pas encore de politique de mise à jour de RStudio.
Vu qu'il est partagé, nous ne pouvons pas figer une vieille version pour un utilisateur qui voudrait une version précise d'un package.
Sauf à instancier un nouveau RStudio en version 3.6.0 et conserver ce 3.5.1. Mais à la longue, la maintenance serait compliquée.
Donc reproductibilité VS nouveauté VS maintenabilité
Un avis @julien, @dbenaben, @jvanhelden, @mariabernard, @cnoirot ?
Ok donc ma question avait un intérêt 
!
Mais pour l'instant je n'ai pas de besoin particulier d'une maj, je vous laisse donc penser à votre politique de maj de façon plus globale.
Merci pour cette réponse Gildas.
Bonjour,
N'abandonnons pas ce débat.
Pour moi, il était compliqué de figer une version de R et d'un package à un instant T sur simple demande.
Mais peut-être devrions-nous étudier la possibilité de disposer d'une version de RStudio par release de Bioconductor ?
Je rebondis sur la question, on vient d'en discuter avec Gildas.
RStudio publie régulièrement de nouvelles versions qui sont réellement de plus en plus ergonomiques, donc cela vaut la peine que le serveur RStudio de l'IFB mette la dernière version à disposition des utilisateurs. Je ne pense pas qu'il y ait un intérêt à maintenir simultanément différentes versions de RStudio.
R évolue également très rapidement (RStudio n'est que l'environnement de travail autour de R), et il y a des librairies qui nécessitent les versions les plus récentes, donc il est aussi important qu'on soit à jour pour les versions de R.
Il arrive (rarement) que certains packages deviennent obsolètes, et dans ce cas cela peut éventuellement poser un problème d'obsolescence pour un script R développé dans une version particulière. Si pour une raison particulière (reproductibilité) on désire maintenir un script avec des librairies non maintenues, on peut toujours le faire sur son compte en bash, en utilisant conda pour installer une version particulière de R et les librairies dont on a besoin.
Je proposerais donc que la politique générale soit de se tenir à jour des nouvelles versions de R et RStudio.
Avec la "Professional Edition", il est possible d'avoir plusieurs versions de R en parallèle 
A la limite, on peut proposer plusieurs VM, une par version de R mais ça va plus loin que la version de R.
L'intelligence vient des packages eux-mêmes.
Et on ne peux pas versionner par package avec toute la combinatoire.
