Utilisation scvi-tools sous R

IFB Core Cluster
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Bonjour,

Je souhaite utiliser l'outil scvi tools sous R ( Integrating datasets with scVI in R — scvi-tools)

Voici mon code R :

    list.env=reticulate::conda_list()
    if (!"scvi-env"%in%list.env$name) {reticulate::conda_create("scvi-env")}
    reticulate::conda_install("scvi-env", packages = c( "numpy==2.2.0", "scanpy", "scvi-tools" ), pip = TRUE) # python==3.10

Sauf que lorsque j'essaie d'installer numpy avec la version 2.2 (car apparemment la version 2.3 est installée et scvi ne fonctionne qu'avec la 2.2) j'aurai un problème de place :

ERROR: Could not install packages due to an OSError: [Errno 122] Disk quota exceeded: '/shared/ifbstor1/home /rgoulancourt2/.conda/envs/scvi-env/lib/python3.10/site-packages/matplotlib-3.10.3.dist-info/INSTALLERro8smdpc.tmp'

Error: Error installing package(s): "'numpy==2.2.0'", "scanpy", "scvi-tools"

Est-ce que vous avez une piste d'aide ?
J'ai aussi essayé de faire la manip directement en bash dans le terminal mais cela n'a rien donné

Merci !

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Bonour,

Votre espace "home" est complètement saturé (150 000 fichiers stockés, quota à 100 000).

C'est ce qui est indiqué au démarrage ou à l'aide de la commande status_bars:

$ status_bars rgoulancourt2
                  [...]
                  HOME [####----------------]      22 /     100 GB
                     - [####################]  150000 /  100000 FILES

Principalement dû à .cache/R (79k fichiers) et .conda (36k ficheirs).

Il faut donc faire du nettoyage ou déplacer les environnements dans votre espace projet.

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Bonjour,

Merci pour votre réponse je vais regarder ça

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Si je supprime les caches cela n'aura pas d'incidences sur les outils installés/pipelines lancés ?

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Un "cache" est censé être temporaire, donc sans effet sur les installations.

Ca peut éventuellement accélérer le traitement mais il faut rentrer le détail du fonctionnement de l'outil pour connaître l'usage du cache. Il pourrait par exemple être "recréé", auquel cas ça ne sert pas à grand chose de le nettoyer.

Perso, je testerais

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Cela a fonctionné merci !