Utiliser Rstudio sur le cluster en ayant l'environnement Conda R installé dans un projet

IFB Core Cluster
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Bonjour à tous,

Je travaille quotidiennement sur le Rstudio du cluster et suis amenée à installer différents packages. Tous les packages s'installent dans un environnement situé dans mon espace personnel kbouzid/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.1/ .

Ainsi, je me retrouve souvent confrontée à des problèmes de quota excédé sur le disque. Est-il possible que cet environnement conda soit sur le projet plutôt que dans mon espace personnel ? Est-ce que le Rstudio du serveur arriverait à y accéder ? Si oui, pourriez-vous m'expliquer comment je peux faire cela ?

Bien à vous,
Kheira

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Bonjour,

Oui c'est possible via l'option --prefix de conda.
Je vous conseillerais donc de recréer votre environnement avec l'option --prefix: https://conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/tasks/manage-environments.html#specifying-a-location-for-an-environment

Bonne journée

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A noter que R en version 4.4.1est maintenant disponible en module:

module load r/4.4.1