Bonjour, je souhaiterai savoir si certains utilisent leur propre interface web à celle de galaxy ? Si oui, quel est votre retour d'expérience ? est-ce facile de récupérer les jobs via l'API ?
Cordialement,
Emmanuel
Bonjour @emmanuel.bettler ,
Au niveau mondial, ou national, il y a déjà pas mal de programme qui interface Galaxy :
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ngphylogeny.fr de l'Institut Pasteur
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ariaweb.pasteur.fr de l'Institut Pasteur
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mogi.readthedocs.io de University of Birmingham
Nous avons prévu dans un projet qui démarrera prochainement de tirer partie de ces solutions pour proposer une interface simplifiée au dessus de usegalaxy.fr.
Je vais tacher de faire venir quelqu'un de Pasteur sur cette discussion.
En attendant, pouvez-vous nous en dire plus sur le besoin initial ?
Merci @gildaslecorguille. Je suis responsable de la plateforme PRABI-LG et je dois gérer le passage de nos services sur une nouvelle machine, nouvelle infrastructure. Nos services étant technologiquement 'vieux', je recherche de nouveaux outils, langages, librairies pour développer la version 2.0 de nos services. Galaxy réunit beaucoup d'avantages en pouvant gérer/s'interfacer avec SLURM, FLASK ou FASTAPI, Python etc... Cependant je ne suis pas fan de l'interface de Galaxy et je voudrais pouvoir la customiser pour ne pas trop m'éloigner de celle existante. De plus, je veux pouvoir customiser également la partie output des jobs, des workflows là aussi pour coller à ce qu'on fait de mieux chez nous. Je regarde donc comment m'interfacer avec l'API de Galaxy pour pouvoir lancer un job, un workflow, récupérer les résultats et les afficher à ma façon...
Bonjour @emmanuel.bettler,
Gildas m'a invité à discuter sur ce point, vu que j'ai participé au développement d'ARIAWeb (moins de NGPhylogeny).
Comme l'a dit @gildaslecorguille les projets ngphylogeny.fr et
ariaweb.pasteur.fr sont tous les 2 des interfaces web utilisant l'api de Galaxy pour soumettre des jobs sur notre cluster et récupérer les résultats. Dans les 2 cas, on a utilisé Django pour développer les interfaces et la librairie python bioblend (https://bioblend.readthedocs.io/en/latest/) pour communiquer avec notre instance Galaxy.
Je peux aussi citer d'autres exemples comme booster.pasteur.fr et covalign.pasteur.cloud qui eux sont développés en go.
Cependant, dans chacun de ces cas, ça a été des développements destinés à des outils ou des workflows bien définis, donc surement un peu différents de ce que vous voulez faire. Le projet
d'interface simplifiée au-dessus de usegalaxy.fr dont parle @gildaslecorguille devrait lui être plus "générique".
Quoi qu'il en soit, l'API Galaxy offre tous les outils nécessaires pour exécuter des jobs, des workflows, récupérer les résultats, créer des comptes... (en gros tout ce qu'on peut faire via l'interface) et bioblend facilite grandement son utilisation (attention tout de même à la gestion des états des jobs/workflows).
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