Bonjour,
Suite à une mauvaise manipulation (confusion entre zcat et gunzip) un gunzip d'un fichier fastq.gz a été interrompu et suivi d'une recompression (zip) pour récupérer le fichier gz initial. Mais le fichier retrouvé présente une taille inférieure (1.3G à 1.1 G) du fichier gz initial. Comment savoir si ce fichier est devenu corrompu ou non sachant que le nombre de lignes (wc -l) est identique au fichier initial et que les dernières lignes (tail) sont de format correct pour un fastq ? Une idée serait que la mise à jour récente (de mars) du cluster ait concerné les outils de compression/décompression (avec une amélioration de la compression) mais je n'ai pas pensé à noter la version de ces outils avant la mise à jour.
Merci si qq a une idée pour vérifier l'exactitude du fichier ...
Bonjour,
Dans le doute il vaux mieux considérer que le fichier n'est pas bon.
Si vous avez le fichier original quelque part vous pouvez comparer la valeur de :
zcat fichier_modifié.gz | md5sum
et
zcat fichier_original.gz | md5sum
Si c'est la meme valeur, alors c'est le meme fichier
Merci pour cette réponse rapide !
Oui, j'aurais bien tenté le md5sum mais je n'ai plus accès au fichier_original.gz (comme les noms de fichiers étaient identiques suite à la confusion initiale, le fichier_initial a été remplacé ...)