Bonjour,
J’avais commencé le pré-traitement d’un jeu de données GC-MS la semaine dernière sans problème particulier jusqu’à l’étape metaMS.runGC (avant maintenance du site).
Je suis repartie d’un nouvel historique ce matin, en rechargeant les raw data et j’ai rencontré 2 problèmes :
A l’étape xcms findChromPeaks , je n’ai pas obtenu les fichiers peaklist pour chaque analyse comme je l’avais demandé (mais je ne me suis pas inquiétée car il n’y a pas eu de message d’erreur … je n’ai pas pu vérifier la détection des pics mais j’ai fait confiance car j’avais repris les mêmes paramètres que vendredi).
A l’étape xcms findChromPeaks Merger, le job a échoué et j’ai ce message d’erreur :
Error in print(xset@phenoData) :
trying to get slot "phenoData" from an object of a basic class ("NULL") with no slots
Execution halted
J’avais réalisé la première tentative avec un fichier sampleMetadata que j’avais crée sous Excel puis chargé en .tsv et j’ai recommencé avec le fichier généré par la fonction xcms get a sampleMetadata file en me disant que j’avais peut-être un soucis dans mon fichier. Mais j’ai la même erreur … alors que ça avait marché vendredi …
Merci d’avance pour votre aide
Bonne journée