Withinvariation : Erreur avec test-data

Workflow4Metabolomics
1

Bonjour,
J'ai trouvé cet outil qui correspond aux besoins du projet que je porte sous GalaxyProject.
Après l’installation du tool, j’ai voulu le tester avec les données « test-data » en suivant ce qui est indiqué dans la section du fichier xml et j’ai un message d’erreur sur les outputs :

  • Fatal error: Exit code 134 ()
  • terminate called after throwing an instance of 'std::runtime_error'
    what(): Mutex creation failed
    /srv/galaxy/jobs/000/174/tool_script.sh : ligne 60 : 4293 Abandon (core dumped) Rscript /srv/galaxy/var/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/yguitton/withinvariation/5086ad0c0992/withinvariation/withinvariation-26603602a823/mixomics_multilevel.r dataMatrix_in "/data/000/dataset_216.dat" sampleMetadata_in "/data/000/dataset_217.dat" repmeasure "Subject" transfo "none" respL "Occasion" respL2 "NULL"

Savez-vous d’où elle provient et comment y remédier ?

Je vous remercie par avance pour votre aide.
Bonne journée

2

Bonjour Anne,

Désolé pour ce retour tardif. Est-ce toujours d'actualité ?
Est-ce bien l'outil W4M|mixomics_multilevel dont on parle ?

Bonne journée

3

Bonjour,

Oui j'ai toujours le problème sur l'outil mixomics_multilevel installé sur mon instance Galaxy.
Est-ce dû aux fichiers test-data ?

Je vous remercie.
Bonne journée

4

Difficile à dire. Vous pouvez peut-être tester sur l'instance https://workflow4metabolomics.usegalaxy.fr/ pour vous en assurer.
Dans tous les cas, si le problème persiste, je ne peux que vous inviter à contacter les développeurs ou a ouvrir une issue sur leur github: GitHub - workflow4metabolomics/mixomics-galaxy-tools: Galaxy tool wrappers for mixOmics R package

5

Je testerai sur l'instance Galaxy de W4M.

Merci à vous pour vos réponses

Bonne journée