Bonjour,
Je suis en train d'effectuer le process de données LC-HRMS. L'outil fill peaks ne se lance pas.
Voici le message que j'obtiens :
Merci d'avance pour aide,
Sophie
Bonjour Sophie,
Désolée pour la réponse (très !) tardive. Il y a eu quelques soucis à cette période au niveau de l'infrastructure. Normalement tout est rentré dans l'ordre depuis. Peux-tu me confirmer que c'est bon maintenant ?
Bonne journée,
Mélanie
Bonjour Mélanie,
Pas de soucis, tout est rentré dans l’ordre pour le Fill peaks
En revanche, j’ai des soucis avec la réalisation des tables de corrélation. C’est un pb de mémoire attribuée à la tâche qui ne serait pas suffisante… Il est vrai que j’ai des variable metadata et data matrices très grandes (>22000 features…). Une action avait été faite par une de tes collègue, mais ça ne suffit toujours pas. Le process s’interrompt en cours de traitement avec le message suivant « This job was terminated because it used more memory than it was allocated.”
Il ne s’agit pas de la mémoire dont je dispose sur mon compte, mais celle du serveur de calcul (je ne sais pas si c’est le bon terme). Je n’ose plus relancer ta collègue que j’ai bien embêtée déjà. Elle a renouvelé l’opération d’augmenter la mémoire plusieurs fois déjà… Peut-être auras-tu une idée de ce qu’on peut faire ?
Bon week-end,
Sophie
Bonjour Sophie,
En effet, les calculs de corrélation deux à deux prennent vite de la mémoire sur des grosses tables. A l'époque, l'augmentation avait été basée sur un jeu de ~14000 variables qui passerait à la relance automatique du module, mais du coup à ~22000 c'est normal que ça ne passe plus. Je pense qu'une augmentation de la mémoire de 10 (valeur actuelle) à 16 devrait faire le job tout en restant sur une attribution pour l'outil raisonnable. Mais je ne vais pas avoir le temps de faire les tests pour le garantir en amont.
@team.galaxy S'il vous plait, est-ce que ce serait possible d'augmenter la mémoire allouée à l'outil de 10 à 16 quand même ? Il s'agit de l'outil suivant :
Nom de l'outil : Metabolites Correlation Analysis
Galaxy Tool: toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/workflow4metabolomics/correlation_analysis/correlation_analysis
Bonne journée,
Mélanie
Merci Mélanie ! Je testerai d'ici quelques jours dans ce cas.
Bonne semaine à toi,
Sophie
Bonjour @smompelat et @melpetera
j'ai augmenté la mémoire de l'outil sur usegalaxy.fr
Thomas
Bonjour,
Merci.
J'ai relancé l'outil, mais malheureusement ça ne suffit pas... Au bout de 10h le process s'interrompt et m'indique : "This job was terminated because it used more memory than it was allocated."
Que faire ?
Merci d'avance et bonne journée,
Sophie
Bonjour,
Mmmh, j'ai peut-être été un peu optimiste en proposant moins du double d'augmentation alors qu'on est sur quasiment du double de taille du jeu de données.
Sachant qu'il s'agit d'un outil relativement peu fréquemment utilisé mais pour autant critique pour les personnes en ayant besoin, ça ne me parait pas aberrant de demander un peu plus encore.
Est-ce qu'on tente un passage à 24 de mémoire pour y aller progressif ? Ou bien un passage direct à 32 pour aussi anticiper de futurs jeux plus gros ? @team.galaxy un avis ?
Mélanie
Bonjour Mélanie, Merci pour ton retour ! 
Ta question sur l'augmentation de mémoire est réservée à la team galaxy, mais si peux me permettre, si c'est possible d'augmenter au max pour commencer, quitte à rediminuer par la suite, ça m'arrangerait beaucoup... Cela fait plusieurs mois que je suis bloquée à ce stade, et l'échéance pour le projet arrive bientôt à son terme...
Merci pour votre compréhension et votre support !
Bien à vous
Sophie
Du coup on va passer direct à 32 alors 
@team.galaxy pouvez-vous faire le passage à 32 s'il vous plait ?
Une fois l'augmentation effective, si l'outil passe, Sophie pourras-tu nous le confirmer et également poster les Metrics du Job (disponible via le petit "i", exemple ci-dessous) ? Ça nous permettra de voir si on laisse tel quel ou rebaisse.
Super ! Merci !
Je vous tiens au courant dès que j'aurais le feu vert de la @eam galaxy.
Bonne journée
Sophie
Bonjour 
J'ai fait la MR pour l'augmentation de ressource (ici). Plus qu'à attendre que quelqu'un avec les droits la valide, et ça devrait être bon.
Mélanie
