Bonjour,
L'app SeedsAndTargets de met4j retourne un drole de bug alors que les autres apps de met4j semblent bien fonctionner.
Voici le lien vers le job qui a foiré : https://usegalaxy.fr/api/datasets/e3ae32f9f60b90d9/display?to_ext=tsv.
Il ne trouve pas /usr/bin/met4j.sh dans l'image singularity, ce qui ne pose pas de problèmes aux autres apps qui utilisent la même image.
Les tests planemo sont bien passés, j'avoue que je ne comprends pas. Pouvez-vous m'aider ?
Ludo Cottret
Bonjour @Ludo_Cottret
Pouvez vous envoyer un rapport de bug ?
Cela nous permettra de voir votre historique et l'erreur associée.
Thomas
Je viens juste de l'envoyer.
Ludo
Bonjour,
Est ce que vous avez pu regarder le rapport de bug ?
Cordialement,
Ludo Cottret
Bonjour @Ludo_Cottret
J'ai regardé le rapport et j'ai pu reproduire l'erreur avec SeedsAndTargets. sh: /usr/bin/met4j.sh: No such file or directory
Je pensais moi aussi à un problème d'image singularity mais la même image est utilisé par d'autres outils (GetModelProteome par ex) sans erreurs.
Je n'ai pas vu d'erreur dans le wrapper non plus.
J'ai tenté une réinstallation de l'outil, ça n'a pas été concluant.
@Lain peut être que tu as déjà vu ça comme problème ? (ou quelqu'un qui a déjà rencontré ce problème)
Bonjour @Ludo_Cottret
Nous avons trouvé l'erreur. L'outil n'utilisait pas le bon runner.
J'ai testé la correction avec mon compte.
Vous pouvez réutiliser l'outil sur usegalaxy.fr.
Tenez nous au courant si vous rencontrez d'autres problèmes.
Thomas
Bonjour,
Je me rends compte que j'avais oublié de dire merci pour cette correction de bug donc merci !
Par contre, j'ai exactement le meme bug avec la méthode SbmlCheckBalance de met4j. J'ai envoyé le rapport d'erreur.
Ludo