Guppy basecaller (GPU)

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
#1

Bonjour,
Serait-il possible d'installer Guppy ?
C'est l'application d'Oxford Nanopore qui permet de décoder les fast5 (signaux électriques) en séquences de nucléotides (fastQ).
Les liens pour l'installation sont sur le site de la communauté Nanopore (Log in - Oxford Nanopore Technologies). La version qui utilise les GPU est supposément la plus rapide.
Je me tiens à disposition si nécessaire,
Cdlt,
Fred Chaux

#2

Je crains qu'on soit passé à côté de cette demande.
@team.software si vous avez un peu de temps ?

#3

Bonjour,
Guppy étant sous licence et seulement accessible via une authentification pour télécharger les sources, cela va demander un peu de travail pour générer une image singularity.

Nous allons attaquer ça au plus vite.

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#4

Hop:

$ module avail guppy
------------------------------- /shared/software/modulefiles -------------------------------
guppy/6.1.1-cpu  guppy/6.1.1-gpu
#5

Merci beaucoup !
Bonne journee a vous,
Cdlt,
Frederic Chaux

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#6

Bonjour,

Suite à ta demande d'installation de Guppy, est-ce que tu as pu le faire tourner en mode GPU ?

Quels paramètres as-tu utilisé ?

J'ai quelques difficultés...

Merci d'avance !

#7

Je me permets de "pinguer" @fredchaux directement