Installation berokka

Bonjour @team.software,

Serait il possible d'installer le logiciel suivant sur le serveur https://github.com/tseemann/berokka ?
(Logiciel pour circulariser un assemblage à l'aide de raw long reads)

Merci par avance et bonne fin de journée,
Aurélie

Bonjour,

Je vois que vous demandez souvent des logiciels, alors je vous propose, si vous le souhaitez, de devenir autonome et de participer activement à notre bibliothèque de logiciel.

C'est pas trop compliqué, en particulier pour les packages conda, il y a un petit temps de prise en main, mais après ca va. Et on peux vous aider pour votre premier essai.

En gros, ca consiste a rajouter un fichier env.yml ici: https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools
Il y a quelques explication, dans le fichier README.md, et l'on peux vous fournir plus d'explication si c'est necessaire.

Dites nous, si ca vous interesse, ou pas !

Vous avez tout a fait le droit de dire que ca vous interesse pas, et dans ce cas, je lance l'installation du logiciel demain :wink:

Bonjour François,

Merci pour votre proposition, il est vrai que j'ai beaucoup demandé de logiciels dernièrement. Tous mes remerciements à votre équipe pour les avoir tous acceptés et installés.

Je vais de ce pas me pencher sur la procédure pour installer un nouveau logiciel. Où puis-je revenir vers vous si je rencontre un quelconque soucis ?
D'ici là, comme j'avoue être un peu pressée niveau temps, serait-il possible que votre équipe se charge de l'installation de berokka ?

Merci encore,
Aurélie

PS: Il me semble avoir également demandé de changer la version du logiciel phaME installé dernièrement dû à une erreur de ma part. Pensez-vous qu'il vous serait également possible d'y jeter un oeil ? (Une collègue en a besoin assez rapidement et je crains de ne pas réussir l'installation du premier coup)

Vous pouvez poser vos questions ici :wink:

Dans les grandes ligne voici la procedure:

  • s'inscrire sur gitlab.com
  • faire un "fork" du dépôt tools que j'ai indiqué plus haut
  • dans ce "fork" créer un répertoire avec un fichier d’environnement conda par exemple "tools/berokka/0.2.3/env.yml"
  • proposer un merge request sur le depot tools

Il y'a des details plus technique dans le Readme ici: https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools
Et on va essayer de faire une documentation plus user friendly des que possible

Bonjour @team.ifbcorecluster ,

Je suis Chloé Ambroset, l'encadrante d'Aurélie Peticca (et ancienne participante de l'école aviesan 2019) qui est actuellement en stage de Master 2 dans notre équipe. Je me permets de rebondir et de prendre le relais sur ses demandes de logiciels.
Nous sommes conscients que nous avons demandé l'installation d'un grand nombre de package et je vous remercie pour votre réactivité et ces installations. Sur le plus long terme, c'est moi qui me chargerai de faire ces étapes (actuellement j'en suis encore incapable mais volontaire pour apprendre !). Mais Aurélie est en stage avec des contraintes de temps assez forte et j'aimerai savoir si vous seriez d'accord d'installer ses 2 derniers logiciels pour la soulager (berokka et le nouveau répertoire de phaMe).
Je vous remercie encore pour votre retour et votre travail !
très bonne semaine à tous

Bien cordialement

Chloé

Bonjour, pour berokka, l'installation est en cours: https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools/-/merge_requests/117

Pour phame, une proposition pour la mise à jour est dans le topic dédié:

Super merci beaucoup pour votre réponse !!

Chloé

Bonjour,

C'est fait: https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools/-/merge_requests/119

module load berokka/0.2.3

merci @dbenaben