Installation METABOLIC

Bonjour,

Serait-il possible d'installer METABOLIC et toutes les banques associées (selon les instructions "full installation")?

Il permet de générer des profils de traits fonctionnels métaboliques et biogéochimiques pour tout genre de données génomiques :

Merci beaucoup !

Installation en cours :

Bonjour,

Est-ce que l'installation est toujours en cours ? Le merge request pipeline a échoué et l'outil n'est pas encore disponible sur le cluster.

Merci :pray:

Si :

module load metabolic/20210303

Ce n'est pas clair si il vous avez besoin de données de référence :thinking:

Il semble avoir été résolu aujourd'hui, merci !

Si run_to_setup.sh a été exécuté avec succès, je pense que les bases de données devraient être déjà disponibles. Si ce n'est pas le cas, je pense qu'il est nécessaire d'exécuter l'étape 2-8 de l'installation complète pour installer les bases de données correspondantes :

:expressionless:

Est-ce que par le plus grand des hasards, vous auriez pu récupérer ces jeux de données ... que j'aurais pu ensuite copier sur /shared/bank/metabolic/20210303 ?

J'ai fait un test et quelque chose ne semble pas aller avec l'installation en elle-même car le perl script associé ne peut pas être trouvé.

Je n'ai pas les bases de données, il faudrait que j'essaie de les installer dans ma home ou sur ma machine locale pour les copier ensuite. Je pense que le plus simple serait de faire l'installation avec le script bash qui installe automatiquement tous les fichiers hmm, etc (si c'est possible, je suis novice en bioinfo donc désolée si je passe à côté de quelque chose....) :

We provide a "run_to_setup.sh" script along with the data downloaded from the GitHub for easy setup of dependent databases. This can be run by using the following command:

bash run_to_setup.sh

Once you've run the bash script, it is not necessary to run Step 2-8 described below. While, it is suggested to run this bash script under supervision, some minor problems might occur during the setup procedure and you could rely on the following Step 2-8 to figure it out.

Pouvez-vous expliciter le problème ?

Voici le message d'erreur :

perl: warning: Setting locale failed.
perl: warning: Please check that your locale settings:
LANGUAGE = (unset),
LC_ALL = (unset),
LC_CTYPE = "UTF-8",
LANG = "en_US.UTF-8"
are supported and installed on your system.
perl: warning: Falling back to a fallback locale ("en_US.UTF-8").
Can't open perl script "METABOLIC-G.pl": No such file or directory

Qu'avez vous lancer pour obtenir cette erreur ?

D'autre part, concernant run_to_setup.sh , il semble que ce script a été plus ou moins lancé à l'installation.
Les fichiers sont ici :

$ ls /shared/software/miniconda/envs/metabolic-20210303/share/metabolic-20210303-0
Accessory_scripts           dbCAN2                        draw_metabolic_energy_flow.R  draw_sequential_reaction.R  MEROPS          METABOLIC-G.pl    METABOLIC_template_and_database
create_excel_spreadsheet.R  draw_biogeochemical_cycles.R  draw_metabolic_network.R      kofam_database              METABOLIC-C.pl  METABOLIC_hmm_db

J'ai pu résoudre le problème en lançant "METABOLIC-G.pl" au lieu de "perl METABOLIC-G.pl" !

Pour les banques, j'ai encore vérifié avec les instructions d'installation et tout semble effectivement être là. Merci pour votre aide !

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Bonjour,

J'ai testé METABOLIC et il y a un problème.
METABOLIC-G fonctionne mais METABOLIC-C ne fonctionne pas car le fichier .pl n'est pas à jour. J'ai vérifié dans le github si la même erreur que celle que j'ai eu a été signalée et c'est bien le cas. L'erreur a été fixée en modifiant le script mais quand je regarde le script /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/metabolic-20210303/bin/METABOLIC-C.pl l'erreur n'est pas corrigée donc ce n'est pas la version la plus récente du script.

Pouvez-vous mettre à jour le script METABOLIC-C.pl ?

Merci

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Je me joins à @emendes , pourriez-vous mettre à jour le script ? METABOLIC-C ne fonctionne pas, j'obtiens également l'erreur qui a été résolu dans la dernière version du script

Bonjour,

En effet, la version packagé via conda n'est pas tout à fait à jour.
La documentation le précise d'ailleurs (Installation · AnantharamanLab/METABOLIC Wiki · GitHub):

Note that an additional conda package was provided at Metabolic :: Anaconda.org (not necessarily being kept up with the most updated version in our GitHub repo, please see the version date).

Nous pouvons essayer de déployer en utilisant un container (singularity/apptainer) mais cela est plus chronophage et risque de prendre du temps.

Si jamais c'est possible pour vous, vous pouvez essayer de demander aux developers/packagers de mettre à jours ce paquet conda.