Si run_to_setup.sh a été exécuté avec succès, je pense que les bases de données devraient être déjà disponibles. Si ce n'est pas le cas, je pense qu'il est nécessaire d'exécuter l'étape 2-8 de l'installation complète pour installer les bases de données correspondantes :
Est-ce que par le plus grand des hasards, vous auriez pu récupérer ces jeux de données ... que j'aurais pu ensuite copier sur /shared/bank/metabolic/20210303 ?
J'ai fait un test et quelque chose ne semble pas aller avec l'installation en elle-même car le perl script associé ne peut pas être trouvé.
Je n'ai pas les bases de données, il faudrait que j'essaie de les installer dans ma home ou sur ma machine locale pour les copier ensuite. Je pense que le plus simple serait de faire l'installation avec le script bash qui installe automatiquement tous les fichiers hmm, etc (si c'est possible, je suis novice en bioinfo donc désolée si je passe à côté de quelque chose....) :
We provide a "run_to_setup.sh" script along with the data downloaded from the GitHub for easy setup of dependent databases. This can be run by using the following command:
bash run_to_setup.sh
Once you've run the bash script, it is not necessary to run Step 2-8 described below. While, it is suggested to run this bash script under supervision, some minor problems might occur during the setup procedure and you could rely on the following Step 2-8 to figure it out.
perl: warning: Setting locale failed.
perl: warning: Please check that your locale settings:
LANGUAGE = (unset),
LC_ALL = (unset),
LC_CTYPE = "UTF-8",
LANG = "en_US.UTF-8"
are supported and installed on your system.
perl: warning: Falling back to a fallback locale ("en_US.UTF-8").
Can't open perl script "METABOLIC-G.pl": No such file or directory
J'ai testé METABOLIC et il y a un problème.
METABOLIC-G fonctionne mais METABOLIC-C ne fonctionne pas car le fichier .pl n'est pas à jour. J'ai vérifié dans le github si la même erreur que celle que j'ai eu a été signalée et c'est bien le cas. L'erreur a été fixée en modifiant le script mais quand je regarde le script /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/metabolic-20210303/bin/METABOLIC-C.pl l'erreur n'est pas corrigée donc ce n'est pas la version la plus récente du script.
Pouvez-vous mettre à jour le script METABOLIC-C.pl ?
Je me joins à @emendes , pourriez-vous mettre à jour le script ? METABOLIC-C ne fonctionne pas, j'obtiens également l'erreur qui a été résolu dans la dernière version du script
Note that an additional conda package was provided at Metabolic :: Anaconda.org (not necessarily being kept up with the most updated version in our GitHub repo, please see the version date).
Nous pouvons essayer de déployer en utilisant un container (singularity/apptainer) mais cela est plus chronophage et risque de prendre du temps.
Si jamais c'est possible pour vous, vous pouvez essayer de demander aux developers/packagers de mettre à jours ce paquet conda.
Si j'ai bien compris remplacer le fichier METABOLIC-C.pl par celui mis à jour est une solution à tester. Pouvez-vous faire cela ? et je testerai si ça résout les problèmes.
Nous préférons éviter de modifier ces installations manuellement et pour tout le monde.
Par contre, il est possible de tester comme suit:
module load metabolic/20210303
# On télécharge METABOLIC-C.pl qu'on ajoute dans le path;
mkdir METABOLIC-C
cd METABOLIC-C
wget https://raw.githubusercontent.com/AnantharamanLab/METABOLIC/master/METABOLIC-C.pl
chmod a+x METABOLIC-C.pl
PATH="$PWD:$PATH"
A noter qu'avec l'ancienne ou la nouvelle, je ne reproduit pas l'erreur décrite plus haut (Installation METABOLIC - #10 par microp).
Je vous laisse donc le soin de tester si ca vous va ?
j'ai testé la solution proposée mais j'obtiens l'erreur suivante car le nouveau script perl se trouve dans un dossier isolé :
perl: warning: Falling back to a fallback locale ("en_US.UTF-8").
Can't open perl script "/shared/ifbstor1/projects/microprony/mydata/metawrap/METABOLIC-C/Accessory_scripts/gff2fasta_mdf.pl": No such file or directory
perl: warning: Setting locale failed.
perl: warning: Please check that your locale settings:
LANGUAGE = (unset),
LC_ALL = (unset),
LC_CTYPE = "UTF-8",
LANG = "en_US.UTF-8"
are supported and installed on your system.
perl: warning: Falling back to a fallback locale ("en_US.UTF-8").
Can't open perl script "/shared/ifbstor1/projects/microprony/mydata/metawrap/METABOLIC-C/Accessory_scripts/gff2fasta_mdf.pl": No such file or directory
[2022-08-24 17:06:32] The Prodigal annotation is finished
[2022-08-24 17:07:40] The hmmsearch is running with 40 cpu threads...
readline() on closed filehandle _IN at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 2352.
[2022-08-24 17:07:40] The hmmsearch is finished
readline() on closed filehandle _IN at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 2365.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet1[0] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 457.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet1[1] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 457.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet1[2] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 457.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet1[3] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 457.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet1[4] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 457.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet1[5] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 457.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet1[6] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 457.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet1[7] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 457.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet1[8] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 457.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet1[9] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 457.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet2[0] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 518.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet2[1] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 518.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet2[2] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 518.
[2022-08-24 17:07:40] Generating each hmm faa collection...
readline() on closed filehandle IN at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 637.
readline() on closed filehandle IN at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 660.
[2022-08-24 17:07:40] Each hmm faa collection has been made
[2022-08-24 17:07:40] The KEGG module result is calculating...
[2022-08-24 17:07:40] The KEGG identifier (KO id) result is calculating...
[2022-08-24 17:07:40] The KEGG identifier (KO id) seaching result is finished
[2022-08-24 17:07:40] Searching CAZymes by dbCAN2...
Error:
Error:
Error: File existence/permissions problem in trying to open HMM file /shared/ifbstor1/projects/microprony/mydata/metawrap/METABOLIC-C/dbCAN2/dbCAN-fam-HMMs.txt.
HMM file /shared/ifbstor1/projects/microprony/mydata/metawrap/METABOLIC-C/dbCAN2/dbCAN-fam-HMMs.txt not found (nor an .h3m bina
File existence/permissions problem in trying to open HMM file /shared/ifbstor1/projects/microprony/mydata/metawrap/METABOLIC-C/dbCAN2/dbCAN-fam-HMMs.txt.
J'ai créé temporairement un module pour tester avec la dernière version du fichier
module purge
module load metabolic/20210303-test
Merci de me dire ce qu'il en est. Je supprimerais alors ce module de test.
A noter que, à défaut d'avoir un package conda dans la dernière version (et facilement installable), vous pouvez toujours suivre la procédure indiqué pour l'installer dans votre espace: Installation · AnantharamanLab/METABOLIC Wiki · GitHub