Installation METABOLIC

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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Merci pour cette suggestion ! Malheureusement, j'obtiens des erreurs similaires, à commencer par celle-ci :

Can't open perl script "/shared/software/miniconda/envs/metabolic-20210303-test/bin/Accessory_scripts/gff2fasta_mdf.pl": No such file or directory

J'ai vérifié et il n'y a effectivement aucun dossier Accessory_scripts dans le chemin donné. Cela pourrait-il être la source du problème ?

Dans le cas où nous devrions faire l'installation nous-mêmes, nous créons juste l'environnement conda/ le le repository github cloné dans notre home ou est-ce qu'il y a autre chose à considérer ?

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Les scripts qui se trouvent dans le fichier accesorry_script.tgz ne sont pas placés dans un dossier mais parmi d'autres fichiers. D'autres dossiers sont manquants : METABOLIC_test_files et METABOLIC_template_and_database (par exemple).

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Je ne reproduit toujours pas l'erreur. Peut-être pouvez-vous nous communiquer la commande pour tester ?

Dans tous les cas, il me semble quand même plus simple de voir avec le développeur (ie recréer un package conda).

Normalement non (en tout cas je vois rien d'autre) : installer conda et suivre la procédure indiquée.

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Voici la commande

module purge
module load metabolic/20210303-test
module load gtdbtk/2.1.0

export GTDBTK_DATA_PATH=/shared/bank/gtdbtk/release207_v2

perl /shared/software/miniconda/envs/metabolic-20210303-test/bin/METABOLIC-C.pl -in-gn BIN_REFINEMENT_NEW/metawrap_45_10_bins/BdJ-11_detection_60_METABOLIC/ -r clean_reads_BdJ-11.txt -o METABOLIC-C_BdJ-11_fasta -t 40
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@microp Je me suis permis de faire des tests dans votre répertoire de travail.

Cela devrait focntionner en utilisant le binaire shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/metabolic-20210303-test/share/metabolic-20210303-0/METABOLIC-C.pl
Je ne sais pour quel raison le changement de répertoire ne se fait pas (/bin/METABOLIC-C.pl est un lien symbolique pointant vers ../share/metabolic-20210303-0/METABOLIC-C.pl)
Ce qui donnerait quelquechose comme;

srun -c 10 perl /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/metabolic-20210303-test/share/metabolic-20210303-0/METABOLIC-C.pl -in-gn BIN_REFINEMENT_NEW/metawrap_45_10_bins/BdJ-11_detection_60_METABOLIC/ -r clean_reads_BdJ-11.txt -o METABOLIC-C_BdJ-11_fasta -t 10

Mais là on est sur de la bidouille.
Je vous laisse donc le soin de tester et de faire le retour au développeur avant que je supprime ce module de test.

En attendant, je pense que le plus simple est de l'installer dans votre home en suivant la procédure: Installation · AnantharamanLab/METABOLIC Wiki · GitHub

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@emendes Pour l'installation des logiciels nous nous appuyons sur conda et le paquet généré par le "Holland Computing Center / University Nebraska": Metabolic :: Anaconda.org
Notre installation: tools/metabolic/20210303 · master · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab
A ma connaissance, les paquets conda n'incluent pas toujours les fichiers de tests.

Et à défaut de paquet conda à jour (ou que l'on fasse un container), je pense que le plus simple est de l'installer dans votre home en suivant la procédure: Installation · AnantharamanLab/METABOLIC Wiki · GitHub

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Je suis en train de le tester, je vous mettrai à jour après le week-end (normalement, il faut un moment pour que l'erreur se produise). Merci !

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Merci beaucoup pour vos efforts ! Alors ce qu'il faut faire est effectivement :

module purge
module load metabolic/20210303-test
module load gtdbtk/2.1.0
export GTDBTK_DATA_PATH=/shared/bank/gtdbtk/release207_v2/
perl /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/metabolic-20210303-test/share/metabolic-20210303-0/METABOLIC-C.pl -t 50 -m-cutoff 0.75 -in-gn METABOLIC_test_files/Guaymas_Basin_genome_files -kofam-db full -r METABOLIC_test_files/Reads_address.txt -o METABOLIC_test_output

donc le nouveau script perl fait bien fonctionner le script et faire appel au dossier metabolic-20210303-0/ est important. Le seul petit détail restant est qu'il reste juste à mettre à jour les scripts R car à la fin nous avons des petites erreurs car il ne trouvent pas ces scripts R ce qui fait qu'il nous manquent certaines figures ( je pense que ce sont les anciens scripts car ce ne sont pas les mêmes noms que ceux trouvés sur github):

-draw_sequential_reaction_diagram.R
-draw_metabolic_Sankey_diagram.R
-draw_functional_network_diagram.R

On peut faire tourner les scripts R nous même mais si les scripts R sont mis à jour le script tournera super bien et facile à utiliser !

Encore merci d'avance.

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Bonjour,

Je pense que mon message précédent a été oublié. Pouvez-vous mettre à jour les scripts R ? Comme ça l'outil sera complètement opérationnel sans qu'on ai besoin de faire tourner des commandes à part (c'est possible je l'ai fait mais ce n'est pas pratique).

Merci encore pour les efforts pour essayer de mettre à jour l'outil ce qui n'est pas simple vu que le package conda n'est pas à jour.

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Bonjour,

Comme indiqué précédemment nous ne faisons pas ce genre de modification (notamment pour conserver les versions).
Le plus simple étant d'installer la nouvelle version (Installation METABOLIC - #15 par dbenaben).
Le paquet conda n'étant pas à jour, cela rends l'installation beaucoup plus chronophage et nous manquons actuellement de ressource pour y répondre (et nous en sommes désolé).
Je vous invite donc à demander au développeur de packager sur conda ou simplement de l'installer dans votre home directory (Installation · AnantharamanLab/METABOLIC Wiki · GitHub).

PS: Je me permets de supprimer le module metabolic/20210303-test juste destiné à tester et répondre au développeur (METABOLIC-C issue with conda installation · Issue #96 · AnantharamanLab/METABOLIC · GitHub).

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D'accord merci !