Voici le message d'erreur :
perl: warning: Setting locale failed.
perl: warning: Please check that your locale settings:
LANGUAGE = (unset),
LC_ALL = (unset),
LC_CTYPE = "UTF-8",
LANG = "en_US.UTF-8"
are supported and installed on your system.
perl: warning: Falling back to a fallback locale ("en_US.UTF-8").
Can't open perl script "METABOLIC-G.pl": No such file or directory
Qu'avez vous lancer pour obtenir cette erreur ?
D'autre part, concernant run_to_setup.sh , il semble que ce script a été plus ou moins lancé à l'installation.
Les fichiers sont ici :
$ ls /shared/software/miniconda/envs/metabolic-20210303/share/metabolic-20210303-0
Accessory_scripts dbCAN2 draw_metabolic_energy_flow.R draw_sequential_reaction.R MEROPS METABOLIC-G.pl METABOLIC_template_and_database
create_excel_spreadsheet.R draw_biogeochemical_cycles.R draw_metabolic_network.R kofam_database METABOLIC-C.pl METABOLIC_hmm_db
J'ai pu résoudre le problème en lançant "METABOLIC-G.pl" au lieu de "perl METABOLIC-G.pl" !
Pour les banques, j'ai encore vérifié avec les instructions d'installation et tout semble effectivement être là. Merci pour votre aide !
Bonjour,
J'ai testé METABOLIC et il y a un problème.
METABOLIC-G fonctionne mais METABOLIC-C ne fonctionne pas car le fichier .pl n'est pas à jour. J'ai vérifié dans le github si la même erreur que celle que j'ai eu a été signalée et c'est bien le cas. L'erreur a été fixée en modifiant le script mais quand je regarde le script /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/metabolic-20210303/bin/METABOLIC-C.pl l'erreur n'est pas corrigée donc ce n'est pas la version la plus récente du script.
Pouvez-vous mettre à jour le script METABOLIC-C.pl ?
Merci
Je me joins à @emendes , pourriez-vous mettre à jour le script ? METABOLIC-C ne fonctionne pas, j'obtiens également l'erreur qui a été résolu dans la dernière version du script
Bonjour,
En effet, la version packagé via conda n'est pas tout à fait à jour.
La documentation le précise d'ailleurs (Installation · AnantharamanLab/METABOLIC Wiki · GitHub):
Note that an additional conda package was provided at Metabolic :: Anaconda.org (not necessarily being kept up with the most updated version in our GitHub repo, please see the version date).
Nous pouvons essayer de déployer en utilisant un container (singularity/apptainer) mais cela est plus chronophage et risque de prendre du temps.
Si jamais c'est possible pour vous, vous pouvez essayer de demander aux developers/packagers de mettre à jours ce paquet conda.
Bonjour,
Merci pour cette réponse. Je vais écrire un message aux developers de METABOLIC. Je vous tiendrai informé.
Les developers ont en réalité containérisé l'outil (GitHub - tin6150/metabolic: containerizing AnantharamanLab/METABOLIC) mais il y a des problèmes avec. L'installation docker n'est pas maintenue actuellement et l'installation conda est recommandée par les developers (Installation and running of METABOLIC docker file · Issue #63 · AnantharamanLab/METABOLIC · GitHub )
Bonjour,
J'ai contacté les developers de METABOLIC: METABOLIC-C issue with conda installation · Issue #96 · AnantharamanLab/METABOLIC · GitHub
Si j'ai bien compris remplacer le fichier METABOLIC-C.pl par celui mis à jour est une solution à tester. Pouvez-vous faire cela ? et je testerai si ça résout les problèmes.
Cordialement,
Bonjour,
Nous préférons éviter de modifier ces installations manuellement et pour tout le monde.
Par contre, il est possible de tester comme suit:
module load metabolic/20210303
# On télécharge METABOLIC-C.pl qu'on ajoute dans le path;
mkdir METABOLIC-C
cd METABOLIC-C
wget https://raw.githubusercontent.com/AnantharamanLab/METABOLIC/master/METABOLIC-C.pl
chmod a+x METABOLIC-C.pl
PATH="$PWD:$PATH"
A noter qu'avec l'ancienne ou la nouvelle, je ne reproduit pas l'erreur décrite plus haut (Installation METABOLIC - #10 par microp).
Je vous laisse donc le soin de tester si ca vous va ?
Bonjour,
j'ai testé la solution proposée mais j'obtiens l'erreur suivante car le nouveau script perl se trouve dans un dossier isolé :
perl: warning: Falling back to a fallback locale ("en_US.UTF-8").
Can't open perl script "/shared/ifbstor1/projects/microprony/mydata/metawrap/METABOLIC-C/Accessory_scripts/gff2fasta_mdf.pl": No such file or directory
perl: warning: Setting locale failed.
perl: warning: Please check that your locale settings:
LANGUAGE = (unset),
LC_ALL = (unset),
LC_CTYPE = "UTF-8",
LANG = "en_US.UTF-8"
are supported and installed on your system.
perl: warning: Falling back to a fallback locale ("en_US.UTF-8").
Can't open perl script "/shared/ifbstor1/projects/microprony/mydata/metawrap/METABOLIC-C/Accessory_scripts/gff2fasta_mdf.pl": No such file or directory
[2022-08-24 17:06:32] The Prodigal annotation is finished
[2022-08-24 17:07:40] The hmmsearch is running with 40 cpu threads...
readline() on closed filehandle _IN at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 2352.
[2022-08-24 17:07:40] The hmmsearch is finished
readline() on closed filehandle _IN at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 2365.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet1[0] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 457.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet1[1] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 457.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet1[2] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 457.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet1[3] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 457.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet1[4] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 457.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet1[5] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 457.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet1[6] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 457.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet1[7] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 457.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet1[8] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 457.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet1[9] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 457.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet2[0] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 518.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet2[1] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 518.
Use of uninitialized value $Hmm_table_head_worksheet2[2] in join or string at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 518.
[2022-08-24 17:07:40] Generating each hmm faa collection...
readline() on closed filehandle IN at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 637.
readline() on closed filehandle IN at METABOLIC-C/METABOLIC-C.pl line 660.
[2022-08-24 17:07:40] Each hmm faa collection has been made
[2022-08-24 17:07:40] The KEGG module result is calculating...
[2022-08-24 17:07:40] The KEGG identifier (KO id) result is calculating...
[2022-08-24 17:07:40] The KEGG identifier (KO id) seaching result is finished
[2022-08-24 17:07:40] Searching CAZymes by dbCAN2...
Error:
Error:
Error: File existence/permissions problem in trying to open HMM file /shared/ifbstor1/projects/microprony/mydata/metawrap/METABOLIC-C/dbCAN2/dbCAN-fam-HMMs.txt.
HMM file /shared/ifbstor1/projects/microprony/mydata/metawrap/METABOLIC-C/dbCAN2/dbCAN-fam-HMMs.txt not found (nor an .h3m bina
File existence/permissions problem in trying to open HMM file /shared/ifbstor1/projects/microprony/mydata/metawrap/METABOLIC-C/dbCAN2/dbCAN-fam-HMMs.txt.
Joie des chemins codés en dur...
J'ai créé temporairement un module pour tester avec la dernière version du fichier
module purge
module load metabolic/20210303-test
Merci de me dire ce qu'il en est. Je supprimerais alors ce module de test.
A noter que, à défaut d'avoir un package conda dans la dernière version (et facilement installable), vous pouvez toujours suivre la procédure indiqué pour l'installer dans votre espace: Installation · AnantharamanLab/METABOLIC Wiki · GitHub
Merci pour cette suggestion ! Malheureusement, j'obtiens des erreurs similaires, à commencer par celle-ci :
Can't open perl script "/shared/software/miniconda/envs/metabolic-20210303-test/bin/Accessory_scripts/gff2fasta_mdf.pl": No such file or directory
J'ai vérifié et il n'y a effectivement aucun dossier Accessory_scripts dans le chemin donné. Cela pourrait-il être la source du problème ?
Dans le cas où nous devrions faire l'installation nous-mêmes, nous créons juste l'environnement conda/ le le repository github cloné dans notre home ou est-ce qu'il y a autre chose à considérer ?
Les scripts qui se trouvent dans le fichier accesorry_script.tgz ne sont pas placés dans un dossier mais parmi d'autres fichiers. D'autres dossiers sont manquants : METABOLIC_test_files et METABOLIC_template_and_database (par exemple).
Je ne reproduit toujours pas l'erreur. Peut-être pouvez-vous nous communiquer la commande pour tester ?
Dans tous les cas, il me semble quand même plus simple de voir avec le développeur (ie recréer un package conda).
Normalement non (en tout cas je vois rien d'autre) : installer conda et suivre la procédure indiquée.
Voici la commande
module purge
module load metabolic/20210303-test
module load gtdbtk/2.1.0
export GTDBTK_DATA_PATH=/shared/bank/gtdbtk/release207_v2
perl /shared/software/miniconda/envs/metabolic-20210303-test/bin/METABOLIC-C.pl -in-gn BIN_REFINEMENT_NEW/metawrap_45_10_bins/BdJ-11_detection_60_METABOLIC/ -r clean_reads_BdJ-11.txt -o METABOLIC-C_BdJ-11_fasta -t 40
@microp Je me suis permis de faire des tests dans votre répertoire de travail.
Cela devrait focntionner en utilisant le binaire shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/metabolic-20210303-test/share/metabolic-20210303-0/METABOLIC-C.pl
Je ne sais pour quel raison le changement de répertoire ne se fait pas (/bin/METABOLIC-C.pl est un lien symbolique pointant vers ../share/metabolic-20210303-0/METABOLIC-C.pl)
Ce qui donnerait quelquechose comme;
srun -c 10 perl /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/metabolic-20210303-test/share/metabolic-20210303-0/METABOLIC-C.pl -in-gn BIN_REFINEMENT_NEW/metawrap_45_10_bins/BdJ-11_detection_60_METABOLIC/ -r clean_reads_BdJ-11.txt -o METABOLIC-C_BdJ-11_fasta -t 10
Mais là on est sur de la bidouille.
Je vous laisse donc le soin de tester et de faire le retour au développeur avant que je supprime ce module de test.
En attendant, je pense que le plus simple est de l'installer dans votre home en suivant la procédure: Installation · AnantharamanLab/METABOLIC Wiki · GitHub
@emendes Pour l'installation des logiciels nous nous appuyons sur conda et le paquet généré par le "Holland Computing Center / University Nebraska": Metabolic :: Anaconda.org
Notre installation: tools/metabolic/20210303 · master · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab
A ma connaissance, les paquets conda n'incluent pas toujours les fichiers de tests.
Et à défaut de paquet conda à jour (ou que l'on fasse un container), je pense que le plus simple est de l'installer dans votre home en suivant la procédure: Installation · AnantharamanLab/METABOLIC Wiki · GitHub
Je suis en train de le tester, je vous mettrai à jour après le week-end (normalement, il faut un moment pour que l'erreur se produise). Merci !
Merci beaucoup pour vos efforts ! Alors ce qu'il faut faire est effectivement :
module purge
module load metabolic/20210303-test
module load gtdbtk/2.1.0
export GTDBTK_DATA_PATH=/shared/bank/gtdbtk/release207_v2/
perl /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/metabolic-20210303-test/share/metabolic-20210303-0/METABOLIC-C.pl -t 50 -m-cutoff 0.75 -in-gn METABOLIC_test_files/Guaymas_Basin_genome_files -kofam-db full -r METABOLIC_test_files/Reads_address.txt -o METABOLIC_test_output
donc le nouveau script perl fait bien fonctionner le script et faire appel au dossier metabolic-20210303-0/ est important. Le seul petit détail restant est qu'il reste juste à mettre à jour les scripts R car à la fin nous avons des petites erreurs car il ne trouvent pas ces scripts R ce qui fait qu'il nous manquent certaines figures ( je pense que ce sont les anciens scripts car ce ne sont pas les mêmes noms que ceux trouvés sur github):
-draw_sequential_reaction_diagram.R
-draw_metabolic_Sankey_diagram.R
-draw_functional_network_diagram.R
On peut faire tourner les scripts R nous même mais si les scripts R sont mis à jour le script tournera super bien et facile à utiliser !
Encore merci d'avance.
Bonjour,
Je pense que mon message précédent a été oublié. Pouvez-vous mettre à jour les scripts R ? Comme ça l'outil sera complètement opérationnel sans qu'on ai besoin de faire tourner des commandes à part (c'est possible je l'ai fait mais ce n'est pas pratique).
Merci encore pour les efforts pour essayer de mettre à jour l'outil ce qui n'est pas simple vu que le package conda n'est pas à jour.