Précision : je travaille sur l'HPC de l'igbmc. Mais je pense que vous pouvez quand même me répondre.
J'aimerais utiliser un outil qui n'est pas disponible (sv-callers : https://github.com/GooglingTheCancerGenome/sv-callers )
J'ai téléchargé le repo avec git clone... puis j'ai utilisé le script bash installer.sh pour créer l'environnement conda. :
#!/usr/bin/env bash
set -xe
MY_ENV=wf
eval "$(conda shell.bash hook)"
printenv
conda env create -n $MY_ENV -f environment.yaml
conda activate $MY_ENV
conda list
cd ./snakemake
echo " - bc=1.06" >> environment.yaml
snakemake --use-conda --create-envs-only --cores 1
Mais c'est à partir de la que je bloque un peu sachant que sur hpc.igbmc il manque au moins une dépendance (survivor, dispo sur bioconda). Est ce qu'il faut installer toutes les dépendances dans l'environnement conda nouvellement créé, ou bien je peux installer juste celles qui ne sont pas déjà disponibles classiquement (via le module load) ?