Installation versions récentes de conda/mamba

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
#1

Bonjour,
Serait-il possible d'avoir une version récente de conda et mamba ?
Idéalement :

$ mamba --version
mamba 0.27.0
conda 23.3.1

D'avance merci pour votre aide.

++

Pierre

#2

Bonjour Pierre,

Une MR concernant GCC est en cours de review et elle devrait indirectement entrainer une la mise à jour de conda et mamba : gcc 11.2.0 (!920) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab

Stay tuned,

Julien

Demande d'installation du logiciel Cell Bender
#3

Super. Merci @julien

#4

Salut @julien
Le MR semble accepté. Mais quand je n'arrive pas à accéder à la nouvelle version :

$ module load conda
$ mamba --version
mamba 0.13.0
conda 4.10.1

Faut-il activer un module différent ?

++

Pierre

#5

Salut Pierre,

La MR a été accepté mais elle n'est pas encore déployé. Nous avons une petite panne sur notre infra de preproduction qui retarde le déploiement final en production.
Tout devrait rentrer dans l'ordre dans la journée demain.

Julien

#6

Bonjour Pierre,

La montée en version de conda et mamba est à présent effective sur le Core Cluster de l'IFB.

ifb> mamba --version
mamba 0.27.0
conda 22.9.0

Julien

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#7

Nickel. Merci beaucoup @julien

#8

Bonjour,

Suite à la mise à jour de conda, mon prompt zsh a disparu, comme reporté ici (conda 22.9.0 breaks bash command prompt · Issue #11885 · conda/conda · GitHub), mais la solution d'initialiser à nouveau le shell avec conda init zsh ne fonctionne pas (avec cette erreur : Anaconda failed to install on Mac OS Monterey Version 12.1 · Issue #11530 · conda/conda · GitHub). Dans la première issue (#11885) il y a une notion de manque de droit d'admin (conda 22.9.0 breaks bash command prompt · Issue #11885 · conda/conda · GitHub), mais je n'ai pas tout compris.

Comment récupérer mon prompt ?

Merci

Identifiant non affiché dans le terminal
#9

Bonjour @julien

Je crois qu'à partir de la mise à jour conda 22.11.0, cela règle le problème, si je comprends cette PR : Make sure conda does not use polyglot shebangs by jaimergp · Pull Request #12043 · conda/conda · GitHub et cette release Release 22.11.0 · conda/conda · GitHub

Merci

#10

A priori, le problème signalé par Jean est résolu (cf. Identifiant non affiché dans le terminal - #4 par dbenaben)