Bonjour,
Dans le cadre de ma formation DUbii2020, je réalise un R Notebook avec des chuncks "bash" sous le Rstudio du cluster de l'IFB. Je suis arrivée à télécharger les fichiers de référence, à créer de nouveaux répertoires pour le projet, mais je bloque pour charger les outils (fastqc par exemple) avec la commande module load fastqc : l'interface bash sous Rstudio ne reconnait pas la commande (module : command not found). Il y a t il une astuce ?
Merci à vous
Bonjour,
En effet Rstudio ne permet pas de charger les modules du cluster.
Si vous avez des traitements bash a lancer, alors vous devriez le faire sur le cluster en utilisant slurm.
Ceci afin de rester dans les bonne pratique et dans le cadre du "fair use" de la plateforme ... (Je peux développer si vous le souhaitez)
Cependant si vous tenez absolument a utiliser fastqc, je pense qu'il devrait être accessible dans vos scripts bash si vous utilisez le chemin complet:
/shared/software/miniconda/envs/fastqc-0.11.8/bin/fastqc
et/ou peut-être en ajustant les variables PATH et LD_LIBRARY_PATH au début de vos scripts:
export PATH="$PATH:/shared/software/miniconda/envs/fastqc-0.11.8/bin/"
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/shared/software/miniconda/envs/fastqc-0.11.8/lib/"
A noter que c'est "faisable" pour n'importe quel outil installé avec Conda sur le cluster.
Et a noter aussi que c'est possible que dans le future on "limite" l’accès depuis Rstudio à l’environnement Conda r-3.6.3 .
Merci, François, je vais essayer vos propositions !
Bonne fin d'après-midi !