Nextflow nf-core/chipseq

Scientific support Nextflow
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Bonjour,
Je souhaite utiliser pour la première fois le pipeline nextflow nf-core/chipseq (avec le profil de l'IFB), mais j'ai cette erreur :

Command error:
  INFO:    Environment variable SINGULARITYENV_TMPDIR is set, but APPTAINERENV_TMPDIR is preferred
  INFO:    Environment variable SINGULARITYENV_NXF_DEBUG is set, but APPTAINERENV_NXF_DEBUG is preferred
  Error: package or namespace load failed for ‘UpSetR’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
   namespace ‘scales’ 1.1.1 is being loaded, but >= 1.2.0 is required
  Execution halted

Comment faut-il faire pour mettre à jour la version de "scales" ?
Merci d'avance,

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Avez-vous résolu votre problème? J'ai fait une petite page d'aide pour lancer les workflows nf-core sur le cluster, si ça peut servir...

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J'ai le meme souci depuis des mois, et je n'arrive pas à trouver de solution. Je fais les mêmes analyses sur le cluster de genotoul sans problème. Problème identique avec les pipelines chipseq et rnaseq.

Environment variable SINGULARITYENV_TMPDIR is set, but APPTAINERENV_TMPDIR is preferred
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Bonjour,

Ce message est un peu ancien, mais comme j'ai eu la même erreur et que la solution n'était pas si évidente à trouver, je l'indique ici:

Mon message d'erreur :

Command error:
  /var/spool/slurm/slurmd/job47584597/slurm_script: line 218: cannot create temp file for here-document: No space left on device
  INFO:    Environment variable SINGULARITYENV_TMPDIR is set, but APPTAINERENV_TMPDIR is preferred
  INFO:    Environment variable SINGULARITYENV_NXF_TASK_WORKDIR is set, but APPTAINERENV_NXF_TASK_WORKDIR is preferred
  INFO:    Environment variable SINGULARITYENV_NXF_DEBUG is set, but APPTAINERENV_NXF_DEBUG is preferred
  WARNING: While bind mounting '/shared:/shared': destination is already in the mount point list
  Note: none of --samples-file, --ploidy or --ploidy-file given, assuming all sites are diploid
  [mpileup] 2 samples in 1 input files
  [mpileup] maximum number of reads per input file set to -d 250
  Note: The maximum per-sample depth with -d 250 is 125.0x
  .command.sh: line 20: cannot create temp file for here-document: No space left on device

à noter que je n'ai pas tenté de corrigé l'utilisation des variable SINGULARITY* par APPTAINER*mais seulement le fait que SINGULARITY écrive dans le /tmp qui est commun à tous.
Solution inspirée de : Nextflow doesn't set SINGULARITY_TMPDIR env variable · Issue #2786 · nextflow-io/nextflow · GitHub

# export d'une variable 
SINGULARITY_TMPDIR=$DIR/singularity_tmp
export SINGULARITY_TMPDIR=$SINGULARITY_TMPDIR

à noter que dans la solution sur github, cet export est fait dans le .bashrc. Why not à ceci près que ce sera le même dossier temporaire pour tous vos projets...

et ajout/modification de votre fichier de conf de workflow (nextflow.config ou tout autre fichier de config précisé ensuite avec l'option -c dans la commande Nextflow)

singularity {
  runOptions = '-B $SINGULARITY_TMPDIR:/tmp -B $SINGULARITY_TMPDIR:/shared/projects/compagne/singularity_cache_tmp/tmp'
  //Used to allow Singularity to access bashrc variables
  envWhitelist = ['SINGULARITY_TMPDIR']
}

c'est quand même bizarre que ce ne soit pas d'office dans le work de Nextflow ... si quelqu'un a une meilleure solution...

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On devrait pouvoir updater le fichier de config de l'ifb: