Bonjour,
Ce message est un peu ancien, mais comme j'ai eu la même erreur et que la solution n'était pas si évidente à trouver, je l'indique ici:
Mon message d'erreur :
Command error:
/var/spool/slurm/slurmd/job47584597/slurm_script: line 218: cannot create temp file for here-document: No space left on device
INFO: Environment variable SINGULARITYENV_TMPDIR is set, but APPTAINERENV_TMPDIR is preferred
INFO: Environment variable SINGULARITYENV_NXF_TASK_WORKDIR is set, but APPTAINERENV_NXF_TASK_WORKDIR is preferred
INFO: Environment variable SINGULARITYENV_NXF_DEBUG is set, but APPTAINERENV_NXF_DEBUG is preferred
WARNING: While bind mounting '/shared:/shared': destination is already in the mount point list
Note: none of --samples-file, --ploidy or --ploidy-file given, assuming all sites are diploid
[mpileup] 2 samples in 1 input files
[mpileup] maximum number of reads per input file set to -d 250
Note: The maximum per-sample depth with -d 250 is 125.0x
.command.sh: line 20: cannot create temp file for here-document: No space left on device
à noter que je n'ai pas tenté de corrigé l'utilisation des variable SINGULARITY* par APPTAINER*mais seulement le fait que SINGULARITY écrive dans le /tmp qui est commun à tous.
Solution inspirée de : Nextflow doesn't set SINGULARITY_TMPDIR env variable · Issue #2786 · nextflow-io/nextflow · GitHub
# export d'une variable
SINGULARITY_TMPDIR=$DIR/singularity_tmp
export SINGULARITY_TMPDIR=$SINGULARITY_TMPDIR
à noter que dans la solution sur github, cet export est fait dans le .bashrc. Why not à ceci près que ce sera le même dossier temporaire pour tous vos projets...
et ajout/modification de votre fichier de conf de workflow (nextflow.config ou tout autre fichier de config précisé ensuite avec l'option -c dans la commande Nextflow)
singularity {
runOptions = '-B $SINGULARITY_TMPDIR:/tmp -B $SINGULARITY_TMPDIR:/shared/projects/compagne/singularity_cache_tmp/tmp'
//Used to allow Singularity to access bashrc variables
envWhitelist = ['SINGULARITY_TMPDIR']
}
c'est quand même bizarre que ce ne soit pas d'office dans le work de Nextflow ... si quelqu'un a une meilleure solution...