No space left on device with nextflow

IFB Core Cluster
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Bonjour,

Lorsque je lance ma pipeline nextflow utilisant slurm qui fonctionne sans problème d'habitude, je reçois un problème d'espace pour la création d'un fichier temporaire.

Sachant que j'ai suffisamment d'espace sur mon compte je pense que le process fait référence à /tmp ou /var.

Serait-il possible de m'aider à résoudre ce problème ?

Command exit status:
  127

Command output:
  (empty)

Command error:
  /var/spool/slurm/slurmd/job47685552/slurm_script: line 22: cannot create temp file for here-document: No space left on device
  .command.sh: line 2: concat_repeat_positions.py: command not found
2

Bonjour,

En effet, je pense que le job échoue à la création d'un fichier temporaire sous /tmp.
Certains noeuds de calcul ont un espace /tmp plus réduit que d'autre (de qques 10Go à 1To), ou un autre job/utilisateur sature l'espace /tmp du noeud.

On travaille pour améliorer ça. En attendant, p'têtre relancer le job ou vérifier l'espace disponible dans /tmp avant d’exécuter NextFlow.