Port ouvert pour EGA database

Bonjour
Je souhaite télécharger des données de RNAseq sur EGA, et en suivant leur tuto j'utilise pyEGA3 (https://github.com/EGA-archive/ega-download-client).
j'ai créé le credentials.json comme demandé avec mon username EGA et mon password, mais il ne se connecte pas, avec le message d'erreur suivant :
requests.exceptions.ConnectionError: HTTPSConnectionPool(host='ega.ebi.ac.uk', port=8443): Max retries exceeded with url: /ega-openid-connect-server/token (Caused by NewConnectionError('<urllib3.connection.HTTPSConnection object at 0x7feb8e3beaf0>: Failed to establish a new connection: [Errno 110] Connection timed out'))
Pouvez vous me donner la marche à suivre pour ouvrir ce port 8443?
Merci de votre aide
Isa

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Bonjour @igirault,

L'ouverture de port ne peut pas être fait par l'utilisateur. C'est quelque chose qui doit se faire au niveau du datacenter.
Nous allons en discuter entre admin. Nous vous tenons au courant

Bonjour Isa

Vous pouvez accéder aux ports 8443 et 8052 depuis les noeuds de calculs mais pas depuis le login node.
Aussi il faudrait que vous utilisiez les commandes srun ou sinteractive plutôt que d'essayer de télécharger depuis le login node.

Une fois les données téléchargées, pouvez vous nous prévenir et nous dire où sont les données ? Nous les mettrons à disposition pour tout le cluster sur /shared/bank/

Merci
Nicole

Merci bcp Nicole
Effectivement le srun change tout :wink:
d'ailleurs je m'en excuse car je sais qu'il faut tout lancer avec le srun sur slurm pour ne pas utiliser le login node :wink:
Par contre je ne suis pas autorisée à partager ces datas car j'ai signé un contrat m'interdisant de le partager.
par contre c'est bcp plus facile d'obtenir des datasets déposées sur EGA car il suffit de faire une demande au comitee , contraiterement aux datasets de dbgap pour lesquels les demandes se transforment en parcours du combattant :wink:

Par contre je ne suis pas autorisée à partager ces datas car j'ai signé un contrat m'interdisant de le partager.

Pas de soucis. Nous pouvons en effet pas les partager.