Problème Java heap space

IFB Core Cluster Support IFB Core Cluster
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Bonjour, j'essaie de faire tourner SnpEff, mais j'obtiens cette erreur

module load snpeff

sbatch -J Annot_BG -o logs/Anno_BG.out -e logs/Annot_BG.err --mem=8G \
--wrap="snpEff eff -c snpeff.config -dataDir . FelCatus -s snpeff_res.html \
intersect/BoGoss.vcf > intersect/BoGoss.annot.vcf"

J'obtiens cette erreur

Error: Error while processing VCF entry (line 8423559) :
	E2	571240	.	G	A	1095.64	PASS	AC=1;AF=0.5;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.292;MLEAC=1;MLEAF=0.5;MQ=60;MQRankSum=0;QD=24.35;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=0.863	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,32:45:99:1103,0,395
java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space

Merci

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Bonjour Chloé,

C'est une erreur assez courante avec Java.
Il faut augmenter les valeurs par défaut le mémoire utilisé par la machine virtuelle Java (JVM).
Plus d'info ici par exemple: java - What are the -Xms and -Xmx parameters when starting JVM? - Stack Overflow

Par défaut, la "JVM" pour snpEff est lancé avec les options -Xms512m et -Xmx1g

Je vous propose d'essayer à nouveau avec l'option -Xmx8g.
Ce qui donnerait:

module load snpeff

sbatch -J Annot_BG -o logs/Anno_BG.out -e logs/Annot_BG.err --mem=8G \
--wrap="snpEff -Xmx8g eff -c snpeff.config -dataDir . FelCatus \
-s snpeff_res.html intersect/BoGoss.vcf > intersect/BoGoss.annot.vcf"

Pour info, snpEff est lancé habituellement via java -jar snpEff.jar.
Pour modifier le paramètre mémoire de java, on lancerait alors java -Xmx8g -jar snpEff.jar.
Un wrapper existe sur le cluster (installé par conda) permettant d'utilsier la commande snpEff directement.
Ce wrapper convertit alors la commande snpEff en java -jar snpEff.jar.
La commande permmet aussi d'ajouter les options de mémoire java. Il suffit alors de spécifier snpEff -Xmx8g.

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Merci, ça fonctionne !

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J'ai une nouvelle erreur Java pour une autre commande

module load snpsift/4.3.1t

sbatch -J sift2_BoGoss -o logs/sift2_BoGoss.out -e logs/sift2_BoGoss.err --mem=8G --wrap=" \
cat intersect/BoGoss.annot.coding.nosyn.vcf | SnpSift filter -Xmx8G \
\"ANN[*].EFFECT = 'missense_variant' & isHet( GEN[2] ) & isVariant( GEN[2] ) \
& isRef( GEN[0] ) & isRef( GEN[1] ) \" \
> variants_interet/BoGoss.annot.coding.nosyn.filtered.vcf"

Qui me donne

Exception in thread "main" java.lang.IndexOutOfBoundsException: Index 2 out of bounds for length 1
	at java.base/jdk.internal.util.Preconditions.outOfBounds(Preconditions.java:64)
	at java.base/jdk.internal.util.Preconditions.outOfBoundsCheckIndex(Preconditions.java:70)
	at java.base/jdk.internal.util.Preconditions.checkIndex(Preconditions.java:248)
	at java.base/java.util.Objects.checkIndex(Objects.java:372)
	at java.base/java.util.ArrayList.get(ArrayList.java:459)
	at org.snpeff.vcf.VcfEntry.getVcfGenotype(VcfEntry.java:768)
	at org.snpsift.lang.function.FunctionBoolGenotype.evalGenotype(FunctionBoolGenotype.java:30)
	at org.snpsift.lang.function.IsHet.eval(IsHet.java:21)
	at org.snpsift.lang.expression.And.eval(And.java:26)
	at org.snpsift.lang.expression.And.eval(And.java:19)
	at org.snpsift.lang.expression.And.eval(And.java:19)
	at org.snpsift.lang.expression.And.eval(And.java:19)
	at org.snpsift.SnpSiftCmdFilter.evaluate(SnpSiftCmdFilter.java:142)
	at org.snpsift.SnpSiftCmdFilter.annotate(SnpSiftCmdFilter.java:91)
	at org.snpsift.SnpSiftCmdFilter.run(SnpSiftCmdFilter.java:355)
	at org.snpsift.SnpSiftCmdFilter.run(SnpSiftCmdFilter.java:331)
	at org.snpsift.SnpSift.run(SnpSift.java:588)
	at org.snpsift.SnpSift.main(SnpSift.java:76)
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L'erreur Index 2 out of bounds for length 1 semble pointer une erreur dans le tableau, l'index "2" n'existant pas (par exemple dans GEN[2]) ?