Partition bigmem

Bonjour Bernice,

C'est une erreur assez courante avec Java.
Ce n'est pas la mémoire qui manque mais, pour simplifier, la mémoire alloué à Java (qui par défaut est assez faible).
Il faut donc augmenter la mémoire utilisée par la machine virtuelle Java (JVM).
Plus d'info ici: java - What are the -Xms and -Xmx parameters when starting JVM? - Stack Overflow

Par exemple, essayer en ajoutant l'option -Xmx8g lorsque vous lancer java.

Certains outils comme picard, snpEff, etc utilisent java sans que ce soit visible.
Il faut alors arriver à spécifier cette option au lancement (exemple sur le forum: Problème Java heap space - #2 par dbenaben, Problème picard tools - #2 par Mag, Error Pilon (polishing) - #2 par dbenaben)