Problème Java heap space

Bonjour Chloé,

C'est une erreur assez courante avec Java.
Il faut augmenter les valeurs par défaut le mémoire utilisé par la machine virtuelle Java (JVM).
Plus d'info ici par exemple: java - What are the -Xms and -Xmx parameters when starting JVM? - Stack Overflow

Par défaut, la "JVM" pour snpEff est lancé avec les options -Xms512m et -Xmx1g

Je vous propose d'essayer à nouveau avec l'option -Xmx8g.
Ce qui donnerait:

module load snpeff

sbatch -J Annot_BG -o logs/Anno_BG.out -e logs/Annot_BG.err --mem=8G \
--wrap="snpEff -Xmx8g eff -c snpeff.config -dataDir . FelCatus \
-s snpeff_res.html intersect/BoGoss.vcf > intersect/BoGoss.annot.vcf"

Pour info, snpEff est lancé habituellement via java -jar snpEff.jar.
Pour modifier le paramètre mémoire de java, on lancerait alors java -Xmx8g -jar snpEff.jar.
Un wrapper existe sur le cluster (installé par conda) permettant d'utilsier la commande snpEff directement.
Ce wrapper convertit alors la commande snpEff en java -jar snpEff.jar.
La commande permmet aussi d'ajouter les options de mémoire java. Il suffit alors de spécifier snpEff -Xmx8g.

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