Bonjour Chloé,
C'est une erreur assez courante avec Java.
Il faut augmenter les valeurs par défaut le mémoire utilisé par la machine virtuelle Java (JVM).
Plus d'info ici par exemple: java - What are the -Xms and -Xmx parameters when starting JVM? - Stack Overflow
Par défaut, la "JVM" pour snpEff est lancé avec les options -Xms512m
et -Xmx1g
Je vous propose d'essayer à nouveau avec l'option -Xmx8g
.
Ce qui donnerait:
module load snpeff
sbatch -J Annot_BG -o logs/Anno_BG.out -e logs/Annot_BG.err --mem=8G \
--wrap="snpEff -Xmx8g eff -c snpeff.config -dataDir . FelCatus \
-s snpeff_res.html intersect/BoGoss.vcf > intersect/BoGoss.annot.vcf"
Pour info, snpEff est lancé habituellement via java -jar snpEff.jar
.
Pour modifier le paramètre mémoire de java, on lancerait alors java -Xmx8g -jar snpEff.jar
.
Un wrapper existe sur le cluster (installé par conda) permettant d'utilsier la commande snpEff
directement.
Ce wrapper convertit alors la commande snpEff
en java -jar snpEff.jar
.
La commande permmet aussi d'ajouter les options de mémoire java. Il suffit alors de spécifier snpEff -Xmx8g
.