Bonjour,
J'aurais besoin d'un accès à la partition bigmem pour faire tourner une analyse quidemande plus en ram que les 250G.
J'ai cru comprendre en consultant votre forum qu'il fallait demander l'accès, car pour le moment je tombe sur "sbatch: error: Batch job submission failed: Invalid account or account/partition combination specified".
Merci.
Bernice.
Bonjour,
En effet, il faut bien demander ici-même pour y avoir accès.
Par contre, je pense qu'il y a une erreur qui n'est pas dû au manque de mémoire.
Dans vos derniers jobs, vous demandez bien 240Go de mémoire mais vos jobs échouent sans utiliser cette mémoire.
Une fois un job terminé, vous pouvez visualiser les ressources utilisées via la commande seff <joibd>.
Par exemple pour votre job 34898070, on voit bien que la mémoire n'est quasiment pas utilisé (1.16 sur les 240 Go disponible).
Memory Utilized: 1.16 GB
Memory Efficiency: 0.48% of 240.00 GB
Avez-vous une erreur qui vous fait pensez que le job échoue à cause de la mémoire ?
Bonjour,
D'abord quand je regarde le statut du job lancé, il m'affiche "failed" et quand j'ouvre le job pour voir, il est écrit ce qui suit:
Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
srun: error: cpu-node-19: task 0: Exited with exit code 1
Et quand je fais un peu de recherche, l'outil que j'utilise utilise beaucoup de mémoire selon la taille du génome à analyser.
Bern.
Bonjour Bernice,
C'est une erreur assez courante avec Java.
Ce n'est pas la mémoire qui manque mais, pour simplifier, la mémoire alloué à Java (qui par défaut est assez faible).
Il faut donc augmenter la mémoire utilisée par la machine virtuelle Java (JVM).
Plus d'info ici: java - What are the -Xms and -Xmx parameters when starting JVM? - Stack Overflow
Par exemple, essayer en ajoutant l'option -Xmx8g lorsque vous lancer java.
Certains outils comme picard, snpEff, etc utilisent java sans que ce soit visible.
Il faut alors arriver à spécifier cette option au lancement (exemple sur le forum: Problème Java heap space - #2 par dbenaben, Problème picard tools - #2 par Mag, Error Pilon (polishing) - #2 par dbenaben)
Bonjour,
Je vous remercie pour votre réponse et les liens pour plus d'info.
Bernice.