Problème nfcore/RNAseq

Scientific support
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Bonjour, je n'arrive pas à lancer le pipeline nfcore/RNAseq

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=NF_RNAseq_3prime
#SBATCH --mem=256G
#SBATCH --cpus-per-task=16
#SBATCH --time=24:00:00
#SBATCH --output=NF_RNAseq_3prime.out
#SBATCH --error=NF_RNAseq_3prime.err
#SBATCH -A gyncs

source /shared/ifbstor1/software/miniconda/bin/activate
conda activate /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/nextflow-24.04.4
module load trim-galore/0.6.10
module load rsem/1.3.2
module load samtools/1.18

nextflow run nf-core/rnaseq -profile ifb_core
--input /shared/home/sgarinet/Projects/ROSIE/samplesheet.csv
--gtf /shared/home/sgarinet/refs/genome/gencode.v47.annotation.gtf.gz
--fasta /shared/home/sgarinet/refs/genome/GRCh38.primary_assembly.genome.fa.gz
--aligner star_salmon
--extra_star_align_args "--alignIntronMax 1000000
--alignIntronMin 20
--alignMatesGapMax 1000000
--alignSJoverhangMin 8
--outFilterMismatchNmax 999
--outFilterMultimapNmax 20
--outFilterType BySJout
--outFilterMismatchNoverLmax 0.1
--clip3pAdapterSeq AAAAAAAA"
--extra_salmon_quant_args " --noLengthCorrection"
--outdir /shared/projects/petacc08_rnaseq/sgarinet/RNAseq_output

Le script crée un grand nombre de jobs en cours, mais il est bloqué sans qu'il ne semble y avoir de message d'erreur dans le log :
JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON)
43036389 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036388 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036387 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036386 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036385 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036384 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036383 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036382 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036381 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036380 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036379 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036378 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036377 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036376 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036375 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036374 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036373 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036372 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036371 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036370 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036369 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036368 fast nf-NFCOR sgarinet PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
43036366 fast NF_RNAse sgarinet R 1:47:57 1 cpu-node-91

Merci d'avance

Simon

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AssocGrpCPUMinutesLimit signifie que vous travaillez sur un projet sans ressources, votre projet par défaut est très probablement "demo". Voir ce poste Problème (AssocGrpCPUMinutesLimit) pour alignements utilisant Nextflow pour une solution. D'autre part il n'y a pas besoin de charger des modules pour les workflows nf-core, seulement le module nextflow.

module purge
module load nextflow/24.04.4
nextflow run nf-core/....

J'avais rédigé une petite fiche d'aide il y a quelque temps: nf-core

Bon courage!

Magali

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Ca a marché effectivement, merci !