Bonjour
je suis confronté à un message d'erreur dans Rstudio
je travaille avec le package methylKit et je bloque au niveau du chargement des bam (WGBS, bien gros, environ 100Go de bam)
Error in .Call("_methylKit_methCall", PACKAGE = "methylKit", read1, type, :
reached CPU time limit
Comment puis je m'en sortir?
merciii
Olivier
Bonjour,
Vous pouvez essayé: setTimeLimit: Set CPU and/or Elapsed Time Limits
Mais pour tout ce qui demande beaucoup de ressource, on recommande de passer par la ligne de commande et srun/sbatch. Voir ce topic par exemple Reached CPU time limit, erreur sur le server Rstudio
merci François, je vais potasser la doc et retourner au bon vieux rscript
Olivier