Voilà j'ai fait du ménage et j'ai relancé Samtools sur le CRAM ...
Est-il possible d'installer ANNOVAR?
Quels outils dois-je utiliser, et dans quel ordre, pour annoter le VCF?
J'AI BESOIN D'UNE FORMATION A GALAXY, comment faire?
Merci
(J'ai créé un nouveau sujet de discussion avec votre message pour ne pas accumuler plusieurs sujets dans la même file. Cela brouille les échanges.)
La suite de l'épisode ici : This job was terminated because it used more memory than it was allocated - #37 par gildaslecorguille
ANNOVAR n'est pas disponible sous Galaxy ou alors dans une veille version.
J'ai néanmoins trouvé ma même discussion sur usegalaxy.eu qui vous propose quelques idées d'outils alternatifs.
Je ne crois qu'une formation Galaxy soit nécessaire. Il faut distinguer Galaxy qui n'est finalement qu'une "interface" pour vous faire accéder aux outils de bioinformatique. Une formation Galaxy pur vous expliquera comment importer un dataset, comment lancer un outil, comment partager un historique ...
Là, les questions que vous avez son plus des questions de bioanalyse que nous pouvons avoir dans Galaxy ou via la ligne de commande.
On peut envisager de vous trouver une formation sur l'analyse de Variant au sein du réseau IFB (ping @team.training, @team.dnaseq).
Sinon, je ne pourrais que chaudement vous recommander les tutoriaux du Galaxy Training Network :
et la section dédiée : Variant Analysis / Tutorial List
Bonjour,
Il y a une formation sur l'analyse de variant dispensée par INRAE Toulouse en novembre : http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/alignment-and-small-size-variants-calling/
et environ à cette même période, il devrait y avoir une école de bioinformatique d'une semaine à Roscoff qui aborde cette thématique. https://ressources.france-bioinformatique.fr/fr/formations (elle n'est pas encore programmée).
Bonne journée
Maria
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