Mise à jour de R sur le serveur RStudio

IFB Core Cluster Tool or data bank request
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Serait-il possible d'effectuer une mise à jour de R dans le serveur RStudio (et si possible également de RStudio).

La version installée date de plus d'un an : R version 3.5.1 (2018-07-02), et pour certains projets j'ai besoin d'installer la dernière version de la librairie recount (1.10.13) qui requiert apparemment R3.6.

De façon générale ce serait utile de mettre en place une politique pour les mises à jour de R et RStudio, car ces logiciels et les librairies évoluent très rapidement. Je ne sais pas si c'est un gros boulot de faire les mises à jour du serveur RStudio.

Merci,

Jacques

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Complément à la requête: ce serait bien de pouvoir également lancer R 3.6.1 en ligne de commandes sur le cluster. Actuellement module avail retourne r/3.5.1.

Merci !
Jacques

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Nous avons commencé à travailler là-dessus.
C'est dans nos priorités TOP3 mais le TOP1 (usegalaxy.fr) est prioritaire et prend pas mal d'énergie.

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Merci Gildas. En attendant j'ai installé R3.6.1 + toutes les librairies dont j'ai besoin avec conda, et ça fonctionne très bien.

Dès que RStudio aura été mis à jour je le testerai.

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Est-ce que je pourrais relancer la demande de mise-à-jour de R 3.5.1 vers la version actuelle sur le serveur RStudio ?

Je ne sais pas à quel point c'est compliqué (en tenant compte de l'installation des librairies), donc il faudrait évaluer si c'est jouable avant le démarrage de DUBii (lundi) ou bien si on garde la version 3.5.1 pendant la formation et on fait la mise à jour juste après. Ou alors s'il est possible de maintenir 2 versions en parallèle pendant un certain temps (ceinture et bretelles).

Merci

Jacqueds

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Ce chantier est toujours en cours et est géré principalement par @Francois et @nc-support.
Il est prévu de disposer en parallèle de plusieurs versions de R pour la ligne de commande et d'une version par défaut pour RStudio.

Tous les packages seront installés sur la n+1 et nous arrêterons les installations sur la n quand la n+1 sera releasé (pour devenir la n)

Nous allons baser ce développement sur des packages Conda pour R mais installer les libraries directement via R.

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J'imagine qu'avec les chantiers urgents en cours la mise à jour de RStudio vers R 3.6.3 est en standby ? Juste pour savoir. Merci.

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C'est toujours en cours, mais a priori ça sera R 3.6.2.

Il y a les premiers environnement conda R qui arrive bientôt:

Ensuite une liste de package supplémentaire devrait être installé en plus (je ne peux pas mettre de lien car pour l'instant c'est sur un dépôt privé)

Et enfin il restera à brancher tous ca à Rstudio.

Enfin, bref, ca avance toujours

(ps: de manière général, les tests sont un peu long pour tout valider essentiellement parce que ca implique de recréer plusieurs fois les environnement et y réinstaller les packages R)

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Ah effectivement on dirait que vous bossez ferme, les échanges sont intenses sur le gitlab.
Merci pour vos efforts!

Jacques

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Bonjour,

Du coup R à été réinstaller en version 3.5.1 et 3.6.3.
Avec un lot de package assez important:

Normalement on devrait commencer la semaine prochaine a tester le passage de Rstudio a cette version de R.

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Rstudio a été mise à jour sur la dev et la preproduction de l'IFB core cluster, il utilise maintenant l'environ conda R 3.6.3.

Si certain veulent/peuvent tester, c'est bienvenue: https://192.168.103.102/

Cela nécessite un accès au VPN au reseaud de dev de l'IFB core cluster.

Ce sera probablement mis en prod en début de semaine prochaine

Merci @nc-support

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R va être mis à jour en version 3.6.3 sur le serveur Rstudio de production de l'IFB Core Cluster.

Cela ne devrait pas avoir d'impact sur vos sessions en cours.

Mais vous devriez quand même sauvegarder votre travail maintenant.

A priori votre session R active restera en R 3.5.1 tant que vous n'avez pas forcer le rechargement (En tapant: Ctrl Shift F10)

A priori aussi, les packages installer dans votre home utilisateur devront être mis à jour.

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Afin de mettre à jour les packages installés dans votre HOME utilisateur, voici une proposition de méthode à améliorer ou pas:

Taper:

.libPaths()

Le tableau renvoyé contient les chemins vers les packages.

Si vous n'avez jamais installé de package R, alors il contient seulement une seul ligne, c'est le chemin vers l'installation R du cluster.

Si vous avez déjà installé un ou plusieurs package R, alors il contient 2 lignes, la première c'est la chemin vers le répertoire dans votre HOME qui contient les packages R, la deuxieme c'est le chemin vers les packages du Cluster.

Par exemple:

    > .libPaths()
    [1] "/shared/mfs/data/home/francois/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library/3.6"
    [2] "/shared/mfs/data/software/miniconda/envs/r-3.6.3/lib/R/library"

Du coup on va essayer de mettre à jour seulement les package du premier élément de ce tableau.

On peux vérifier la liste avec cette commande:

installed.packages(lib.loc = .libPaths()[1])

Et mettre à jour cette liste avec:

update.packages(lib.loc = .libPaths()[1], checkBuilt = TRUE, ask = FALSE)
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Merci François !

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Suite à l’échec de la première tentative de mise à jour vers R 3.6.3 hier.

Un nouvel essai sera fait lundi matin avec une autre méthode.

Merci de fermer vos sessions Rstudio vendredi soir.

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Bonjour,

Juste pour être sûre ça veut dire qu'on ne peut pas utiliser Rstudio ce week end ? Et surtout à quelle heure on doit s’arrêter aujourd'hui ?

Merci d'avance pour les infos,

A+ dans le :bus:

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Hum disons que vous pouvez l'utiliser jusqu'a dimanche en fin d’après midi

Je me connecterais dimanche soir pour éteindre le serveur et le préparer pour lundi matin.

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Bonjour, ça à l'air bon:

image
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Voir mes précédents messages dans cette conversation pour recharger votre session R (Ctrl Shift F10) et mettre à jour vos packages

merci à @nc-support et @team.ifbcorecluster

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Un grand merci pour le passage de R 3.5 à 3.6 sur le serveur RStudio.
Depuis lors une nouvelle version de R vient de sortir: on est passés de 3.6 à 4.0.0 (eh oui, ça bouge pas mal).

D'après la notation c'est un gros changement. Je n'ai pas regardé les détails, mais je l'ai installé sur Mac OS X et ça a l'air de tourner sans problème.

Est-ce qu'il serait possible de l'installer sur le cluster ?
Peut-on maintenir différentes versions en parallèle pendant un certain temps, pour assurer une transition douce ?

Merci

Jacques